Supercómputo - UNAM

nueva página de supercómputo

2008-04-16T17:24:00.001-06:00

Estimados usuarios de las supercomputadoras de la UNAM,

Ha sido liberada la nueva versión la página de supercómputo en la UNAM: www.super.unam.mx

Seguirán encontrando manuales de aplicaciones, bibliotecas y guías de uso en la sección de manuales: www.super.unam.mx/manuales

Los avisos referentes a nuevas aplicaciones/bibliotecas disponibles, así como estados de operación de los equipos serán publicados en la sección de avisos:
www.super.unam.mx/avisos

Este blog será dado de baja en algunos días.

Agradeciendo su atención

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM

jobs perdidos, sábado 12 hrs

2008-04-07T11:59:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

por una falla en los nodos de servicio, el sábado 5 de abril a las 12:20 hrs, se perdió una buena parte de los jobs que a ese momento se encontraban corriendo y encolados en el equipo. Les pedimos reiniciar sus jobs, así como revisar que los que se encuentren corriendo estén en estado consistente.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM

mantenimiento en RedUNAM

2008-03-14T17:33:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadoras de la DGSCA,

durante la próxima semana, el personal de telecomunicaciones de la UNAM hará mantenimiento a la RedUNAM, por lo que el día 17 de marzo, entre las 17 y las 21 hrs es posible las conexiones a las supercomputadoras sean intermitentes.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM

Plan de Becarios de Cómputo de Alto Rendimiento

2008-02-14T14:54:00.001-06:00

PROGRAMA DE BECAS DE CÓMPUTO DE ALTO RENDIMIENTO 2008

La Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, a través de la Dirección de Cómputo para la Investigación

C O N V O C A

a los estudiantes de licenciatura de las áreas de ciencias, ingenierías e informática, a participar en el CONCURSO DE SELECCIÓN DE CANDIDATOS para su PROGRAMA DE BECAS 2008 en las áreas de: Administración de Supercómputo, Optimización, Realidad Virtual y Visualización Científica.

Objetivo

Formar recursos humanos con habilidades en técnicas y tecnologías de cómputo científico de alto rendimiento, con la finalidad de participar en actividades relacionadas con el uso de instrumentos de cómputo avanzados, como la Sala de Realidad Virtual Ixtli y la supercomputadora KanBalam.

Requisitos generales
• Alumno regular del 6to. al 10mo. semestres de la licenciatura o pasante.
• Promedio de 8.5.
• Comprensión de lectura en inglés.
• Disponibilidad de horario de 14:00 a 18:00 hrs. de lunes a viernes
• Conocimientos de nivel usuario de UNIX/Linux

Duración

El programa tiene una duración de un año; al término, se otorga Diploma de participación.

Registro en línea
http://becarios.computo-cientifico.unam.mx
Del 5 al 22 de febrero.

Examen de selección
25 de febrero.

PLATICAS INFORMATIVAS: 14, 18, 19 y 21 de febrero. 12:30 y 18:30 hrs.
En el Auditorio de la DGSCA
http://becarios.computo-cientifico.unam.mx

Inicio
• 24 de marzo de 2008.

archivos RWF > 500 GBytes

2008-01-29T21:48:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

este mensaje es con relación a los archivos RWF, generados por la aplicación Gaussian.

Algunos jobs generan archivos RWF de tamaños entre 500 GB y 2 TB. Dado que los dispositivos de almacenamiento del sistema de archivos tienen una capacidad individual de 2 TB, estos RWFs pueden saturarlos. La mejor manera de evitar esta saturación sin impacto en el rendimiento es partir un RWF grande en varios archivos pequeños. Esto puede hacerse con una línea similar a la siguiente en el archivo de entrada:

%RWF=cuo-1,200GB,cuo-2,200GB,cuo-3,200GB,cuo-4,200GB,cuo-5,200GB,cuo-6,200GB,cuo-7,200GB,cuo-8,200GB,cuo-9,200GB,cuo-10,200GB

en este ejemplo, cada archivo (cuo-*) tiene un tamaño máximo de 200GB, y se pueden generar hasta 10 archivos (2 TB). Estos archivos se generan en el directorio de scratch (GAUSS_SCRDIR) y es importante recordar que, al ser nombrados, NO son eliminados automáticamente al finalizar el job, por lo que les pedimos no olvidar hacerlo manualmente.

A su vez, a partir del próximo lunes 4 de febrero, implementaremos para los archivos RWF la misma política que para los archivos core: serán eliminados después de 7 días de no haber sido utilizados.

Como siempre, estamos a sus órdenes para cualquier duda,

Atentamente

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx

Scalapack en KanBalam

2008-01-28T20:15:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

para informarles que la biblioteca Scalapack está instalada en la máquina.

Scalapack es una implementación paralela de una buena parte de la biblioteca LAPACK, que contiene funciones para álgebra de matrices, sistemas de ecuaciones, valores propios, valores singulares, entre otras.

Pueden encontrar más información sobre Scalapack en http://www.netlib.org/scalapack

También pueden encontrar un manual de uso, y pruebas de rendimiento en KanBalam en la sección de manuales de la página de supercómputo

Atentamente,

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx

CFITSIO

2007-12-14T21:06:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

la biblioteca CFITSIO ha sido agregada a las bibliotecas del sistema.

CFITSIO es una biblioteca para leer/escribir archivos en el formato FITS (Flexible Image Transport System).

Pueden encontrar más información sobre esta biblioteca en
http://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/fitsio/fitsio.html

Para utilizarla en kanbalam, basta con agregar las líneas -lcfitsio -lm a su línea de compilación, independientemente de qué compilador estén utilizando. Por ejemplo,

% gcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% g77 cfitsio.f -lcfitsio -lm

% icc test-cfitsio.c -lm -lcfitsio
% ifort cfitsio.f -lcfitsio -lm

% pathcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% pathf90 cfitsio.f -lcfitsio -lm

Atentamente,

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM

Seminario de Supercómputo por VC

2007-12-04T19:19:00.001-06:00

Estimados usuarios,

la conferencia de Mateo Valero, ""Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past" será trasmitida por Videoconferencia. Si están interesados, favor de registrarse en el sistema de reservaciones del VNOC de la UNAM (vnoc.unam.mx)

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

Seminario de Supercómputo: Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past"

2007-12-04T19:18:00.001-06:00

La Dirección General de Servicios de Cómputo Académico tiene el agrado de invitar a la charla "Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past", que será impartida por el Profr. Mateo Valero, Director del Centro de Supercomputación de Barcelona, el próximo miércoles 5 de diciembre a las 13:30 horas, en el auditorio de la DGSCA.

Mateo Valero es un reconocido investigador en el campo de las arquitecturas de cómputo. Es el fundador del Centro Europeo de Paralelismo de Barcelona (CEPBA), y del Instituto de Investigación CEPBA-IBM. Por su trabajo de investigación ha recibido varios premios, tanto de la IEEE-ACM, como del gobierno español.

Pueden encontrar un resumen de la ponencia en http://www.dlp.acm.org/view_lecturer.cfm?lecturer_id=982.

Les pedimos confirmar su asistencia respondiendo a este mismo correo.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

Fin de mantenimiento

2007-11-26T20:19:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

El mantenimiento ha finalizado y ya se pueden hacer conexiones al equipo nuevamente.
Agradecemos como siempre su paciencia y comprensión.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

mantenimiento

2007-11-26T14:27:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

Para llevar a cabo la actualización del firmware de uno de los switches del equipo y proporcionarle mantenimiento, necesitamos suspender el acceso al equipo entre las 17:00 y las 20:00. Los jobs actualmente corriendo se mantendrán en ejecución.

Estamos haciendo nuestro mejor esfuerzo para restablecer el servicio a la brevedad posible y no causar pérdidas en los trabajos en curso.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

cambios en bibliotecas y modulos

2007-11-20T21:23:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

a partir del próximo jueves 22, se harán los siguientes cambios en bibliotecas y módulos:

1.- El módulo "intel-64" pasa a ser "intel". Este módulo configura el ambiente para utilizar los compiladores Intel en 64 bits y actualiza las variables

CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90. El módulo intel-32 queda descontinuado.
2.- El módulo "mkl-64" pasa a ser "mkl". Este módulo configura el ambiente para utilizar la biblioteca MKL en 64 bits. El módulo mkl-32 queda descontinuado.

3.- Se añade el módulo "gnu" que actualiza las variables CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90

4.- Se añade la biblioteca GotoBlas. Estará instalada en /opt/appl/BIBLIO y será accesible a través del módulo "gotoblas"

A fin de evitar conflictos con cargas/descarga de módulos, les recomendamos reiniciar todas sus sesiones. Los jobs en ejecución no se verán afectados.

También ponemos a su disposición un pequeño manual para la utilización de las bibliotecas MKL, ACML y GotoBLAS, así como una comparación de rendimiento de las implementaciones de BLAS en estas tres bibliotecas. Podrán encontrar este documento en la sección de manuales de la página de supercómputo (www.super.unam.mx)

archivos "core"

2007-11-12T17:11:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

les comunicamos que a partir del próximo lunes 19 de noviembre, en el sistema se eliminarán de forma automática todos los archivos "core" que no hayan sido utilizados durante los últimos 7 días.

Estamos a sus órdenes para cualquier aclaración,

ajustes en la conexión al ruteador terminados

2007-11-08T22:40:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

Los ajustes ya fueron realizados. Ya se pueden establecer conexiones al equipo nuevamente.

ajustes en conexion al ruteador de DGSCA

2007-11-07T17:04:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

el jueves 8 de noviembre, entre las 20 y las 22 hrs. se realizarán algunos ajustes en la conexión de la sala al ruteador de la DGSCA, por lo que las conexiones externas al equipo se interrumpirán en ese periodo. Los jobs en ejecución y en espera no se verán afectados.

Rendimiento de MM5 en KanBalam

2007-10-25T20:25:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

para los interesados en el software de modelación atmosférica MM5, pusimos los tiempos de ejecución en kanbalam de los benchmarks proporcionados por los desarrolladores de este código, en la sección de manuales de la página de supercómputo: http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales

Los benchmarks se ejecutaron con diferentes valores de PROCMIN_WE y PROCMIN_NS, a fin de mostrar como estos dos parámetros de compilación tienen un efecto muy notable en el desempeño y la escalabilidad de MM5.

Se puede encontrar más información sobre MM5 en http://www.mmm.ucar.edu/mm5/

Wien2k 7.3 + MPI + Scalapack

2007-10-18T11:57:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,

el procedimiento para compilar el software Wien2k versión 7.3, incluyendo la versión paralela con MPI+Scalapack se encuentra en http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales

En este mismo documento se encuentra un ejemplo de script para ejecutar jobs con este software, y gráficas de rendimiento de algunos ejemplos, en donde se comparan los mecanismos de paralelización k-points y mpi.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

Semana de e-science Mexico

2007-10-09T20:18:00.000-06:00

SEMANA DE E-SCIENCE MEXICO

Con el propósito de promover entre la comunidad
científica el uso de tecnologías computacionales distribuidas para resolver
problemas avanzados en ciencias e ingeniería, la Universidad Nacional
Autónoma de México a través de la Dirección General de Servicios de Cómputo
Académico, en coordinación con la FES-Cuautitlán, el Instituto de Ciencias
Nucleares, el Centro de Ciencias Genómicas y el proyecto EELA
E-Infrastructure shared between Europe and Latin America invitan a la
Semana de e-science México, que comprende las siguientes actividades:

8º Taller EELA
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
22 de Octubre de 2007
Auditorio del Instituto de Investigación de Matemáticas Aplicadas y Sistemas

TUTORIALES
Grid, Visualización y Cómputo de Alto Rendimiento.

Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
23-26 de Octubre de 2007
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, Aula 7 del ANEXO

Más información:
tutorial2007@super.unam.mx
http://www.escience.unam.mx

Miguel Álvarez al teléfono: (+5255) 56 23 18 97 ó con Elizabeth Silva al
teléfono: (+5255) 56 22 85 91

actualizacion de firware de switch infiniband

2007-10-04T21:09:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

les comunicamos que el firmware de uno de los switches infiniband fue actualizado. Les pedimos que monitoreen el rendimiento de sus jobs, sobre todo aquellos que utilicen MPI, y de ser posible nos reporten si observan diferencias notorias.

kanbalam nuevamente accesible

2007-10-04T21:06:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora kanbalam,

el acceso a la máquina ya está nuevamente habilitado.

Agradecemos su comprensión y paciencia por la espera de estos días. Dados los acontecimientos de las últimas semanas, era importante hacer algunos cambios mayores. Les pedimos estar al pendiente de sus jobs y reportarnos cualquier comportamiento anómalo.

acceso restablecido

2007-09-20T13:06:00.001-06:00

Les informamos que ya se restableció el acceso a la supercomputadora KanBalam.

Por favor, revisen bien sus jobs, pues puede ser que algunos archivos no estén bien debido a la interrupción del sistema de archivos.

Nuevamente agradecemos su paciencia y comprensión.

Acceso a KanBalam

2007-09-20T07:49:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

hemos cerrado temporalmente el acceso al equipo debido a problemas con el sistema de archivos.
Esperamos reabrir en el transcurso del día.

Red de datos

2007-09-16T21:31:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

el domingo 16 de septiembre se presentó un problema con la red de datos de
la supercomputadora entre las 20:30 y las 21:30 hrs. Debido a esta falla, el
sistema de archivos y el ambiente MPI fueron inaccesibles durante este
lapso.

Les pedimos que revisen sus datos y el estatus de sus jobs, ya que varios
jobs fueron abortados. Tambien les
agradeceremos que nos comuniquen cualquier problema que encuentren.

Limite de procesadores en la cola regular

2007-08-24T17:33:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:

el límite de procesadores de la cola regular es ahora 164.
Dicho límite aplica por grupo de usuarios (el titular y cuentas adicionales).

El comando "busers", pasando como parámetro el login del titular de la cuenta, con el sufijo _g, proporciona en la columna RUN el número de procesadores que están siendo utilizados por el grupo.

Por ejemplo, para el grupo pruebas

% buser pruebas_g
USER/GROUP JL/P MAX NJOBS PEND RUN SSUSP USUSP RSV
pruebas_g - 164 0 0 0 0 0 0

kanbalam nuevamente accesible

2007-07-25T19:25:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

la supercomputadora ya está accesible nuevamente.
Les pedimos su comprensión por la demora.

Instalación en la sala de kanbalam

2007-07-06T13:18:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

Como estaba planeado desde 2006, DGSCA adquirio equipos de enfriamiento
para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de redundancia
adicional. Para instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos
colaterales para KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta
computadora provee.

Los trabajos de instalacion se llevaran a cabo durante el proximo periodo
vacacional, por lo que les pedimos que tomen las debidas precauciones.
Estos trabajos empezaran tentativamente a partir del lunes 9 de julio, a las 8 hrs.
El servicio de la supercomputadora será reestablecido aproximandamente el 23 de julio. Estaremos informándoles al respecto.

Lamentamos los contratiempos de estas actividades, cuyos beneficios de
largo plazo esperamos suplan ampliamente los inconvenientes temporales que
causaremos a Uds.

Enfatizamos nuevamente nuestro llamado a que provean las protecciones
pertinentes a sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para
cualquier consulta al respecto.

Atentamente,

Departamento de Supercomputo
Direccion General de Servicios de Computo Academico
UNAM

Directorio de "scratch" en discos locales

2007-06-27T16:39:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:

Se ha habilitado un directorio de "scratch" en el disco local de cada uno de los nodos de cálculo.

Para utilizarlo, por favor consideren lo siguiente:

1. La ruta del directorio de "scratch" es diferente para cada job, y es accesible en el mismo script del job a través de la variable SCRATCHDIR.
El directorio debe ser creado dentro del mismo script. Por ejemplo, para usar el disco local como scratch de un job de gaussian, se tiene el siguiente script (en bash):

#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -q regular
#BSUB -n 4

ulimit -s 8000000

mkdir -p $SCRATCHDIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
g03 < PAR4_1.inp

2.- En cada nodo existe un único directorio de "scratch" para todos los procesos que genere el job en dicho nodo. Es tarea del programa crear nombres de archivos diferentes para cada proceso o sincronizar las operaciones de I/O en un mismo archivo.

3.- El directorio de "scratch" sólo es visible para los proceso de un mismo nodo.

4.- El directorio de "scratch" se borra inmediatamente después de terminar el job.

5.- El espacio de scratch disponible es 60 Gigabytes

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

cambio de "shell" por omisión

2007-06-12T13:58:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

les recordamos que el shell por omisión en todas las cuentas es bash. Los otros shells disponibles son tcsh, csh y ksh.
Si desean cambiar el shell por omisión en su cuenta, utilicen el comando chshell. Este funciona del mismo modo que el comando chsh
de Linux, pero lleva a cabo el cambio en todo el cluster.

Por ejemplo,

-------

[user@n339 ~]$ chshell
Changing shell for user.
Password:
New shell [/bin/bash]: /bin/tcsh
Shell changed.
Connection to n349 closed.

-------

Las opciones para "New shell" son /bin/tcsh, /bin/csh, /bin/ksh.

Información sobre funcionamiento y uso de KanBalam

2007-06-11T16:13:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

el día de hoy se publican tres textos acerca del funcionamiento y uso de la supercomputadora:

En el periódico Reforma

(puede leer el texto íntegro en http://aldergutnews.wordpress.com/)

y en la Gaceta de la UNAM, pags. 3, 4 y 5.

http://www.dgcs.unam.mx/gacetaweb/2007/070611/gaceta.htm

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

* Esta información puede ser consultada en línea en supercomputo-unam.blogspot.com

NETCDF

2007-06-07T21:22:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

se ha instalado la biblioteca NetCDF, útil para la creación, uso e intercambio de arreglos (matrices) de datos.

Pueden encontrar mayor información sobre la misma en

http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/

Las instrucciones de uso son:

PARA PATHSCALE:

pathcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

pathCC -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff

pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f90 -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff

-------

PARA INTEL 64 BITS

icc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

icpc -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

pathf90 -assume 2underscores -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran

-----------------

PARA GNU

gcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

g++ -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

g77 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran

--------------------

Dejamos pendiente la instrucción para intel/fortran 90

KanBalam - Fin de semana

2007-05-25T13:15:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

el equipo seguirá encendido y accesible durante el fin de semana. El lunes les confirmaremos la nueva fecha y hora de apagado.
Nuevamente les solicitamos tomen las debidas precauciones con respecto a sus jobs y datos.

Altix - estado del sistema de archivos

2007-05-25T12:44:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora Alebrije (Altix350)

En este momento, el sistema de archivos /tmpu esta en funcionamiento,
sin embargo, la maquina sera dada
de baja este lunes 28 de mayo para reemplazar uno de los discos.

Les pedimos de la manera mas atenta respaldar su informacion y solo
hacer corridas que puedan terminar o hacer un checkpointing durante el fin de semana.

Información general - Frecuencia de "checkpointing" en TERAGRID

2007-05-25T12:30:00.000-06:00

Estimados usuarios de los equipos de supercómputo de la UNAM,

La siguiente liga seguramente será de su interés.

Contiene recomendaciones sobre la frecuencia de "checkpointings" en una aplicación.

Alebrije (Altix 350): problemas de disco

2007-05-23T20:16:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora Alebrije (Altix 350)

Debido a una falla en el arreglo de discos del directorio /tmpu, el sistema
esta fuera de servicio por el momento. Estamos trabajando en la reconstruccion
del mismo. Esperamos que el dia de ma~nana (24 de mayo) se reinicien las
operaciones.

Mientras tanto les pedimos su comprension al respecto.

Recordatorio interrupción de servicio

2007-05-23T17:22:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

para recordarles que este jueves 24 de mayo a las 20 horas se suspenderá el servicio, para reiniciarse tentativamente el 4 de junio.

Les recordamos tomar las precauciones necesarias con sus trabajos y sus datos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.

Instalacion aire acondicionado - Interrupcion de servicio

2007-05-21T11:35:00.001-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam

Como estaba planeado desde 2006, DGSCA ha adquirido equipos de
enfriamiento para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de
redundancia adicional. Para
instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos colaterales para
KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta computadora provee.

Prevemos que la interrupcion del servicio iniciara el jueves 24 a las 8
de la noche, y que se reestablecera el 4 de junio por la ma~ana. Lamentamos
la interrupcion, cuyos beneficios de largo plazo esperamos suplan
ampliamente los inconvenientes temporales que causaremos a Uds.

Como en toda interrupcion de servicio, enfatizamos nuestro llamado a que
Uds. prevean la proteccion
de sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.

Atentamente,

Departamento de Supercomputo

Ya funciona nuevamente el sistema de archivos

2007-05-11T15:17:00.000-06:00

El sistema ya está funcionando nuevamente. Les pedimos que relancen los jobs que tenían en ejecución. Es probable que las escrituras a archivos hayan fallado en las últimas 6 horas, pero la información anterior debe estar intacta. También les pedimos que nos comuniquen cualquier problema que les haya surgido derivado de esta interrupción.

Lamentamos los contratiempos que esto les haya causado. Un sistema de archivos de 128 Terabytes y 768 discos es susceptible de este tipo de interrupciones.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

Problemas en sistemas de archivos global

2007-05-11T14:25:00.000-06:00

estamos teniendo problemas con el sistema de archivos /global (LUSTRE). Será necesario reiniciarlo. Como consecuencia, debemos terminar los jobs que actualmente están ejecutándose.

Se estima que se podrán relanzar los jobs a partir de las 5pm.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

Estadísticas de jobs

2007-05-07T17:36:00.000-06:00

como seguramente habrán notado, al final del archivo de salida estándar de cada trabajo aparece una sección denominada "Estadísticas del Job", la cual contiene información sobre los recursos consumidos por cada job terminado. Esta información es:

Tiempo de pared: La duración del job.

HORASNODO: Las horas consumidas por el job. Es igual a la duración del mismo por el número de procesadores solicitados. Este es el factor que se contabiliza sobre sus recursos asignados.

Tiempo de CPU: El tiempo de uso efectivo de todos los procesadores solicitados.

Eficiencia: El porcentaje de Tiempo de CPU con respecto a las HORASNODO. Este factor indica que tanto se han usado los procesadores solicitados para el job.

Una eficiencia menor al 50% indica que durante el job se ha ocupado más tiempo en comunicaciones que en procesamiento, o que los procesadores han estado ociosos más tiempo del que han estado trabajando.

En estos casos, el tiempo de pared sería muy similar utilizando solamente la mitad de los procesadores, y en consecuencia, se reducirían las HORASNODO consumidas por el job.
Por lo anterior, se recomienda que si la eficiencia de un job es menor a 50%, se reduzca a la mitad el número de procesadores solicitados para jobs similares en el futuro.

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

MPI: Ligas

2007-04-24T11:32:00.000-06:00

para su información, enviamos ligas de información referente al estándar MPI:

Version 1.0 de MPI en su presentación eléctronica:

http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-11-html/mpi-report.html

Utilización de MPI, ejemplos:

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/examples/main.htm

Utilización de MPI-2, ejemplos:

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/index.html

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/examples/main.htm

GAMESS InfiniBand

2007-04-23T17:12:00.000-06:00

Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,

se ha modificado el script (rungms) de GAMESS con MKL, para hacer el intercambio de información a través de la red InfiniBand del cluster.

En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:

Versión Tiempo de pared (secs)
MKL-Infiniband 9931.0
MKL-eth 10882.5

por el momento, se mantendrán las dos versiones MKL. Para usar la versión infiniband,
primero deberán generar las llaves para tener acceso a los nodos a través de dicha red:

% ssh_create_shared_keys-ib

y después cargar el módulo correspondiente:

% module load gamess/mkl-ib

el script sigue siendo el mismo:

% cat script
#!/bin/tcsh
#BSUB -q pruebas
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -n 16

rungms ccpvdz.inp 01 16 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > stdout

GAMESS

2007-03-29T14:00:00.000-06:00

Se ha instalado GAMESS, en tres versiones diferentes: MKL (utiliza la biblioteca BLAS de MKL), ACML (utiliza la biblioteca BLAS de ACML) y BLAS-G (utiliza la biblioteca BLAS proporcionada por el mismo gamess).

En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:

Versión Tiempo de pared (secs)
MKL 10882.5
ACML 36298.5
BLAS-G 36974.5

Obviamente, la versión recomendad es MKL. Sin embargo, se hace de su conocimiento que
en los tests incluidos con gamess se obtuvieron los siguientes errores:

MKL: exam23 (Herr=2.8e+00 Gerr=1.9e-05)

ACML: exam06 (Eerr=2.0e-01 Gerr=-1.2e-06)
exam25 (Eerr=1.1e-06 Gerr=8.0e-06)

BLAS-G: ninguno

Para utlizarlo, cree el directorio /global/LOGIN/scr (donde LOGIN es su loginname).
Este directorio será el scratch para todas sus corridas. Sólo necesita crearlo una vez.

Después cargue el modulo de la versión que desee utilizar:

% module load gamess/mkl

o

% module load gamess/acml

o

% module load gamess/blas-g

y tome el siguiente script como ejemplo (suponiendo 64 procesadores):

% cat script.gamess
#BSUB -q regular
#BSUB -o salida
#BSUB -e error
#BSUB -n 64

rungms archivo.entrada 01 64 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > output

% bsub < script.gamess

NOTAS:

1. El directorio scratch es /global/LOGIN/scr .. no confundir con /global/LOGIN/src

2. Gamess requiere la redirección de la salida estándar al archivo "output" -tal como está en el ejemplo-. NO cambie esa parte.

3. Se está trabajando en un método para definir flexiblemente el directorio de scratch.

El Departamento de Supercómputo agradece a Emilio Orgaz y el grupo de la Facultad de Química por proporcionar la versión MKL.

Cola de pruebas y nodos de login

2007-03-24T15:11:00.000-06:00

Les recordamos hacer sus corridas de prueba en la cola "pruebas".

Esta cola tiene un limite de 30 minutos y 16 procesadores.

Los nodos de login deben usarse para compilar, depurar, someter jobs o
hacer transferencias de archivos. Se les recomienda no dejar procesos
corriendo en estos nodos, pues pueden ser terminados si interfieren con
las actividades de otros usuarios.

Políticas de uso de nodos especiales (64 GB RAM)

2007-03-22T12:42:00.001-06:00

Debido a que los nodos especiales son pocos (5), y su demanda suele ser mayor, el Comité Académico de Supercómputo ha establecido las siguientes políticas de uso para dichos nodos:

- La duración máxima por job será de 72 hrs.
- Un grupo (el titular y sus cuentas adicionales) tendrá a lo más 1 job en ejecución, en un máximo de 1 nodo.
- Se eliminarán aquellos jobs que no utilicen más de 8 GB de RAM.

NwChem 5.0

2007-03-20T21:39:00.002-06:00

para informarles que el software NwCHEM está instalado en /opt/appl/nwchem-5.0
Para ejecutarlo, se debe establecer la variable de ambiente NWCHEM_BASIS_LIBRARY. P.ej, para bash

% export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=/opt/appl/nwchem-5.0/libraries/

El script de LSF de ejemplo es el siguiente:

% cat nwchem.script
#BSUB -n 8
#BSUB -o salida_nwchem
#BSUB -e error_nwchem
#BSUB -q pruebas

cd test_nwchem5
mpirun -srun nwchem prueba.in

Para ejecutarlo:

% bsub < nwchem.script

Problema telefónico resuelto

2007-03-20T18:38:00.000-06:00

Ya están funcionando nuevamente los teléfonos en el Departamento de Supercómputo

5622-8529
5622-8164
5622-8599

Departamento de Supercómputo

problemas telefónicos

2007-03-20T12:35:00.000-06:00

por problemas en un conmutador, se estima que el Departamento de Supercómputo estará sin líneas telefónicas durante gran parte del día, de modo que les pedimos que si necesitan comunicarse con el staff del departamento, lo hagan a través del correo electrónico a las direcciones

ayuda@super.unam.mx
admsuper@super.unam.mx
depto@super.unam.mx

Atentamente,

Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM

Presentación VisualNumerics

2007-03-16T19:58:00.000-06:00

El Departamento de Supercómputo les extiende la más cordial invitación para
que nos acompañe a la charla que impartirá la empresa Visual Numerics Inc. con
respecto a sus productos de software científico y de visualización.

La cita es el miércoles 21 de marzo a las 12hrs., en el Auditorio de la
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico (DGSCA), ubicada en el
Circuito Exterior s/n frente a la Facultad de contaduría y Administración en
CU.

Agrademos su atención,

Departamento de Supercómputo.

Programa

Visual Numerics’ Products and the Benefits of a Campus Wide Program with UNAM

Visual Numerics, the developers of PV-WAVE, IMSL, and JMSL, will be coming to
Mexico March 21 to give an educational presentation to UNAM educators and
researchers. The mid day (12:00- 2:00PM) presentation will focus on the
products and offerings available to UNAM via a proposed campus wide site
license. Included in the presentation will be

- Overview of Visual Numerics, Inc.,
- UNAM / Visual Numerics History,
- Product Overview and Examples in Academia,
- Education Programs, and
- Product demonstrations

This is a technical presentation which should provide you with informational
benefits of utilizing a campus license. Both Visual Numerics and UNAM are
interested in increasing the user base of these tools at UNAM, and
establishing relationships with and between those researchers and students who
currently use and would like to use these tools.

About Visual Numerics Products

- PV-WAVE® is an array-based programming language used to build and deploy
Visual Data Analysis applications.

- TS-WAVE™ is the time series analysis component of the PV-WAVE® Family. It is
often used for telemetry data gathering connected with satellites, flight
testing, and range tests.

- JWAVE™ is the PV-WAVE® Web Development Environment that allows users to
rapidly analyze and visualize critical information regardless of the platform.

- The IMSL libraries (FORTRAN, C/C++ and C#) are a comprehensive set of
mathematical and statistical functions that programmers can embed into their
software applications.

- The JMSL Library is a collection of mathematical, statistical, and charting
classes written in Java, providing the ability to create data analysis
applications. The JMSL Application Quick Start Pack includes a number of
useful demos and code for quick application development ideas.

KanBalam: Modulo para biblioteca MPI

2007-03-14T20:49:00.000-06:00

Las sesiones en kanbalam han sido configuradas para cargar de manera automática el ambiente para utilizar la biblioteca de intercambio de mensajes HP-MPI.

Ya no es necesario utilizar el comando "module load mpi" explícitamente.

Atte

Depto. de Supercómputo.

blog de supercomputo de la UNAM

2007-03-14T12:46:00.001-06:00

Bienvenidos al blog de supercómputo de la UNAM.

La intención de este sitio es establecer un punto adicional de contacto con los usuarios de los equipos de supercómputo,
para informarles sobre el estado de operación de las supecomputadoras, actualización de software, notas de interés general, etc.

Este sitio es complementario a los mensajes de correo electrónico.

Esperamos sus comentarios.