Estimados usuarios,
la conferencia de Mateo Valero, ""Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past" será trasmitida por Videoconferencia. Si están interesados, favor de registrarse en el sistema de reservaciones del VNOC de la UNAM (vnoc.unam.mx)
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 4 de diciembre de 2007
Seminario de Supercómputo: Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past"
La Dirección General de Servicios de Cómputo Académico tiene el agrado de invitar a la charla "Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past", que será impartida por el Profr. Mateo Valero, Director del Centro de Supercomputación de Barcelona, el próximo miércoles 5 de diciembre a las 13:30 horas, en el auditorio de la DGSCA.
Mateo Valero es un reconocido investigador en el campo de las arquitecturas de cómputo. Es el fundador del Centro Europeo de Paralelismo de Barcelona (CEPBA), y del Instituto de Investigación CEPBA-IBM. Por su trabajo de investigación ha recibido varios premios, tanto de la IEEE-ACM, como del gobierno español.
Pueden encontrar un resumen de la ponencia en http://www.dlp.acm.org/view_lecturer.cfm?lecturer_id=982.
Les pedimos confirmar su asistencia respondiendo a este mismo correo.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Mateo Valero es un reconocido investigador en el campo de las arquitecturas de cómputo. Es el fundador del Centro Europeo de Paralelismo de Barcelona (CEPBA), y del Instituto de Investigación CEPBA-IBM. Por su trabajo de investigación ha recibido varios premios, tanto de la IEEE-ACM, como del gobierno español.
Pueden encontrar un resumen de la ponencia en http://www.dlp.acm.org/view_lecturer.cfm?lecturer_id=982.
Les pedimos confirmar su asistencia respondiendo a este mismo correo.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
lunes, 26 de noviembre de 2007
Fin de mantenimiento
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
El mantenimiento ha finalizado y ya se pueden hacer conexiones al equipo nuevamente.
Agradecemos como siempre su paciencia y comprensión.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
El mantenimiento ha finalizado y ya se pueden hacer conexiones al equipo nuevamente.
Agradecemos como siempre su paciencia y comprensión.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
mantenimiento
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
Para llevar a cabo la actualización del firmware de uno de los switches del equipo y proporcionarle mantenimiento, necesitamos suspender el acceso al equipo entre las 17:00 y las 20:00. Los jobs actualmente corriendo se mantendrán en ejecución.
Estamos haciendo nuestro mejor esfuerzo para restablecer el servicio a la brevedad posible y no causar pérdidas en los trabajos en curso.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Para llevar a cabo la actualización del firmware de uno de los switches del equipo y proporcionarle mantenimiento, necesitamos suspender el acceso al equipo entre las 17:00 y las 20:00. Los jobs actualmente corriendo se mantendrán en ejecución.
Estamos haciendo nuestro mejor esfuerzo para restablecer el servicio a la brevedad posible y no causar pérdidas en los trabajos en curso.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 20 de noviembre de 2007
cambios en bibliotecas y modulos
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
a partir del próximo jueves 22, se harán los siguientes cambios en bibliotecas y módulos:
1.- El módulo "intel-64" pasa a ser "intel". Este módulo configura el ambiente para utilizar los compiladores Intel en 64 bits y actualiza las variables
CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90. El módulo intel-32 queda descontinuado.
2.- El módulo "mkl-64" pasa a ser "mkl". Este módulo configura el ambiente para utilizar la biblioteca MKL en 64 bits. El módulo mkl-32 queda descontinuado.
3.- Se añade el módulo "gnu" que actualiza las variables CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90
4.- Se añade la biblioteca GotoBlas. Estará instalada en /opt/appl/BIBLIO y será accesible a través del módulo "gotoblas"
A fin de evitar conflictos con cargas/descarga de módulos, les recomendamos reiniciar todas sus sesiones. Los jobs en ejecución no se verán afectados.
También ponemos a su disposición un pequeño manual para la utilización de las bibliotecas MKL, ACML y GotoBLAS, así como una comparación de rendimiento de las implementaciones de BLAS en estas tres bibliotecas. Podrán encontrar este documento en la sección de manuales de la página de supercómputo (www.super.unam.mx)
a partir del próximo jueves 22, se harán los siguientes cambios en bibliotecas y módulos:
1.- El módulo "intel-64" pasa a ser "intel". Este módulo configura el ambiente para utilizar los compiladores Intel en 64 bits y actualiza las variables
CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90. El módulo intel-32 queda descontinuado.
2.- El módulo "mkl-64" pasa a ser "mkl". Este módulo configura el ambiente para utilizar la biblioteca MKL en 64 bits. El módulo mkl-32 queda descontinuado.
3.- Se añade el módulo "gnu" que actualiza las variables CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90
4.- Se añade la biblioteca GotoBlas. Estará instalada en /opt/appl/BIBLIO y será accesible a través del módulo "gotoblas"
A fin de evitar conflictos con cargas/descarga de módulos, les recomendamos reiniciar todas sus sesiones. Los jobs en ejecución no se verán afectados.
También ponemos a su disposición un pequeño manual para la utilización de las bibliotecas MKL, ACML y GotoBLAS, así como una comparación de rendimiento de las implementaciones de BLAS en estas tres bibliotecas. Podrán encontrar este documento en la sección de manuales de la página de supercómputo (www.super.unam.mx)
lunes, 12 de noviembre de 2007
archivos "core"
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
les comunicamos que a partir del próximo lunes 19 de noviembre, en el sistema se eliminarán de forma automática todos los archivos "core" que no hayan sido utilizados durante los últimos 7 días.
Estamos a sus órdenes para cualquier aclaración,
les comunicamos que a partir del próximo lunes 19 de noviembre, en el sistema se eliminarán de forma automática todos los archivos "core" que no hayan sido utilizados durante los últimos 7 días.
Estamos a sus órdenes para cualquier aclaración,
jueves, 8 de noviembre de 2007
ajustes en la conexión al ruteador terminados
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
Los ajustes ya fueron realizados. Ya se pueden establecer conexiones al equipo nuevamente.
Los ajustes ya fueron realizados. Ya se pueden establecer conexiones al equipo nuevamente.
miércoles, 7 de noviembre de 2007
ajustes en conexion al ruteador de DGSCA
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el jueves 8 de noviembre, entre las 20 y las 22 hrs. se realizarán algunos ajustes en la conexión de la sala al ruteador de la DGSCA, por lo que las conexiones externas al equipo se interrumpirán en ese periodo. Los jobs en ejecución y en espera no se verán afectados.
el jueves 8 de noviembre, entre las 20 y las 22 hrs. se realizarán algunos ajustes en la conexión de la sala al ruteador de la DGSCA, por lo que las conexiones externas al equipo se interrumpirán en ese periodo. Los jobs en ejecución y en espera no se verán afectados.
jueves, 25 de octubre de 2007
Rendimiento de MM5 en KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
para los interesados en el software de modelación atmosférica MM5, pusimos los tiempos de ejecución en kanbalam de los benchmarks proporcionados por los desarrolladores de este código, en la sección de manuales de la página de supercómputo: http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
Los benchmarks se ejecutaron con diferentes valores de PROCMIN_WE y PROCMIN_NS, a fin de mostrar como estos dos parámetros de compilación tienen un efecto muy notable en el desempeño y la escalabilidad de MM5.
Se puede encontrar más información sobre MM5 en http://www.mmm.ucar.edu/mm5/
para los interesados en el software de modelación atmosférica MM5, pusimos los tiempos de ejecución en kanbalam de los benchmarks proporcionados por los desarrolladores de este código, en la sección de manuales de la página de supercómputo: http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
Los benchmarks se ejecutaron con diferentes valores de PROCMIN_WE y PROCMIN_NS, a fin de mostrar como estos dos parámetros de compilación tienen un efecto muy notable en el desempeño y la escalabilidad de MM5.
Se puede encontrar más información sobre MM5 en http://www.mmm.ucar.edu/mm5/
jueves, 18 de octubre de 2007
Wien2k 7.3 + MPI + Scalapack
Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,
el procedimiento para compilar el software Wien2k versión 7.3, incluyendo la versión paralela con MPI+Scalapack se encuentra en http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
En este mismo documento se encuentra un ejemplo de script para ejecutar jobs con este software, y gráficas de rendimiento de algunos ejemplos, en donde se comparan los mecanismos de paralelización k-points y mpi.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
el procedimiento para compilar el software Wien2k versión 7.3, incluyendo la versión paralela con MPI+Scalapack se encuentra en http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
En este mismo documento se encuentra un ejemplo de script para ejecutar jobs con este software, y gráficas de rendimiento de algunos ejemplos, en donde se comparan los mecanismos de paralelización k-points y mpi.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 9 de octubre de 2007
Semana de e-science Mexico
SEMANA DE E-SCIENCE MEXICO
Con el propósito de promover entre la comunidad
científica el uso de tecnologías computacionales distribuidas para resolver
problemas avanzados en ciencias e ingeniería, la Universidad Nacional
Autónoma de México a través de la Dirección General de Servicios de Cómputo
Académico, en coordinación con la FES-Cuautitlán, el Instituto de Ciencias
Nucleares, el Centro de Ciencias Genómicas y el proyecto EELA
E-Infrastructure shared between Europe and Latin America invitan a la
Semana de e-science México, que comprende las siguientes actividades:
8º Taller EELA
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
22 de Octubre de 2007
Auditorio del Instituto de Investigación de Matemáticas Aplicadas y Sistemas
TUTORIALES
Grid, Visualización y Cómputo de Alto Rendimiento.
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
23-26 de Octubre de 2007
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, Aula 7 del ANEXO
Más información:
tutorial2007@super.unam.mx
http://www.escience.unam.mx
Miguel Álvarez al teléfono: (+5255) 56 23 18 97 ó con Elizabeth Silva al
teléfono: (+5255) 56 22 85 91
Con el propósito de promover entre la comunidad
científica el uso de tecnologías computacionales distribuidas para resolver
problemas avanzados en ciencias e ingeniería, la Universidad Nacional
Autónoma de México a través de la Dirección General de Servicios de Cómputo
Académico, en coordinación con la FES-Cuautitlán, el Instituto de Ciencias
Nucleares, el Centro de Ciencias Genómicas y el proyecto EELA
E-Infrastructure shared between Europe and Latin America invitan a la
Semana de e-science México, que comprende las siguientes actividades:
8º Taller EELA
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
22 de Octubre de 2007
Auditorio del Instituto de Investigación de Matemáticas Aplicadas y Sistemas
TUTORIALES
Grid, Visualización y Cómputo de Alto Rendimiento.
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
23-26 de Octubre de 2007
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, Aula 7 del ANEXO
Más información:
tutorial2007@super.unam.mx
http://www.escience.unam.mx
Miguel Álvarez al teléfono: (+5255) 56 23 18 97 ó con Elizabeth Silva al
teléfono: (+5255) 56 22 85 91
jueves, 4 de octubre de 2007
actualizacion de firware de switch infiniband
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
les comunicamos que el firmware de uno de los switches infiniband fue actualizado. Les pedimos que monitoreen el rendimiento de sus jobs, sobre todo aquellos que utilicen MPI, y de ser posible nos reporten si observan diferencias notorias.
les comunicamos que el firmware de uno de los switches infiniband fue actualizado. Les pedimos que monitoreen el rendimiento de sus jobs, sobre todo aquellos que utilicen MPI, y de ser posible nos reporten si observan diferencias notorias.
kanbalam nuevamente accesible
Estimados usuarios de la supercomputadora kanbalam,
el acceso a la máquina ya está nuevamente habilitado.
Agradecemos su comprensión y paciencia por la espera de estos días. Dados los acontecimientos de las últimas semanas, era importante hacer algunos cambios mayores. Les pedimos estar al pendiente de sus jobs y reportarnos cualquier comportamiento anómalo.
el acceso a la máquina ya está nuevamente habilitado.
Agradecemos su comprensión y paciencia por la espera de estos días. Dados los acontecimientos de las últimas semanas, era importante hacer algunos cambios mayores. Les pedimos estar al pendiente de sus jobs y reportarnos cualquier comportamiento anómalo.
jueves, 20 de septiembre de 2007
acceso restablecido
Les informamos que ya se restableció el acceso a la supercomputadora KanBalam.
Por favor, revisen bien sus jobs, pues puede ser que algunos archivos no estén bien debido a la interrupción del sistema de archivos.
Nuevamente agradecemos su paciencia y comprensión.
Por favor, revisen bien sus jobs, pues puede ser que algunos archivos no estén bien debido a la interrupción del sistema de archivos.
Nuevamente agradecemos su paciencia y comprensión.
Acceso a KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
hemos cerrado temporalmente el acceso al equipo debido a problemas con el sistema de archivos.
Esperamos reabrir en el transcurso del día.
hemos cerrado temporalmente el acceso al equipo debido a problemas con el sistema de archivos.
Esperamos reabrir en el transcurso del día.
domingo, 16 de septiembre de 2007
Red de datos
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el domingo 16 de septiembre se presentó un problema con la red de datos de
la supercomputadora entre las 20:30 y las 21:30 hrs. Debido a esta falla, el
sistema de archivos y el ambiente MPI fueron inaccesibles durante este
lapso.
Les pedimos que revisen sus datos y el estatus de sus jobs, ya que varios
jobs fueron abortados. Tambien les
agradeceremos que nos comuniquen cualquier problema que encuentren.
el domingo 16 de septiembre se presentó un problema con la red de datos de
la supercomputadora entre las 20:30 y las 21:30 hrs. Debido a esta falla, el
sistema de archivos y el ambiente MPI fueron inaccesibles durante este
lapso.
Les pedimos que revisen sus datos y el estatus de sus jobs, ya que varios
jobs fueron abortados. Tambien les
agradeceremos que nos comuniquen cualquier problema que encuentren.
viernes, 24 de agosto de 2007
Limite de procesadores en la cola regular
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:
el límite de procesadores de la cola regular es ahora 164.
Dicho límite aplica por grupo de usuarios (el titular y cuentas adicionales).
El comando "busers", pasando como parámetro el login del titular de la cuenta, con el sufijo _g, proporciona en la columna RUN el número de procesadores que están siendo utilizados por el grupo.
Por ejemplo, para el grupo pruebas
% buser pruebas_g
USER/GROUP JL/P MAX NJOBS PEND RUN SSUSP USUSP RSV
pruebas_g - 164 0 0 0 0 0 0
el límite de procesadores de la cola regular es ahora 164.
Dicho límite aplica por grupo de usuarios (el titular y cuentas adicionales).
El comando "busers", pasando como parámetro el login del titular de la cuenta, con el sufijo _g, proporciona en la columna RUN el número de procesadores que están siendo utilizados por el grupo.
Por ejemplo, para el grupo pruebas
% buser pruebas_g
USER/GROUP JL/P MAX NJOBS PEND RUN SSUSP USUSP RSV
pruebas_g - 164 0 0 0 0 0 0
miércoles, 25 de julio de 2007
kanbalam nuevamente accesible
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
la supercomputadora ya está accesible nuevamente.
Les pedimos su comprensión por la demora.
la supercomputadora ya está accesible nuevamente.
Les pedimos su comprensión por la demora.
viernes, 6 de julio de 2007
Instalación en la sala de kanbalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
Como estaba planeado desde 2006, DGSCA adquirio equipos de enfriamiento
para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de redundancia
adicional. Para instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos
colaterales para KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta
computadora provee.
Los trabajos de instalacion se llevaran a cabo durante el proximo periodo
vacacional, por lo que les pedimos que tomen las debidas precauciones.
Estos trabajos empezaran tentativamente a partir del lunes 9 de julio, a las 8 hrs.
El servicio de la supercomputadora será reestablecido aproximandamente el 23 de julio. Estaremos informándoles al respecto.
Lamentamos los contratiempos de estas actividades, cuyos beneficios de
largo plazo esperamos suplan ampliamente los inconvenientes temporales que
causaremos a Uds.
Enfatizamos nuevamente nuestro llamado a que provean las protecciones
pertinentes a sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para
cualquier consulta al respecto.
Atentamente,
Departamento de Supercomputo
Direccion General de Servicios de Computo Academico
UNAM
Como estaba planeado desde 2006, DGSCA adquirio equipos de enfriamiento
para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de redundancia
adicional. Para instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos
colaterales para KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta
computadora provee.
Los trabajos de instalacion se llevaran a cabo durante el proximo periodo
vacacional, por lo que les pedimos que tomen las debidas precauciones.
Estos trabajos empezaran tentativamente a partir del lunes 9 de julio, a las 8 hrs.
El servicio de la supercomputadora será reestablecido aproximandamente el 23 de julio. Estaremos informándoles al respecto.
Lamentamos los contratiempos de estas actividades, cuyos beneficios de
largo plazo esperamos suplan ampliamente los inconvenientes temporales que
causaremos a Uds.
Enfatizamos nuevamente nuestro llamado a que provean las protecciones
pertinentes a sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para
cualquier consulta al respecto.
Atentamente,
Departamento de Supercomputo
Direccion General de Servicios de Computo Academico
UNAM
miércoles, 27 de junio de 2007
Directorio de "scratch" en discos locales
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:
Se ha habilitado un directorio de "scratch" en el disco local de cada uno de los nodos de cálculo.
Para utilizarlo, por favor consideren lo siguiente:
1. La ruta del directorio de "scratch" es diferente para cada job, y es accesible en el mismo script del job a través de la variable SCRATCHDIR.
El directorio debe ser creado dentro del mismo script. Por ejemplo, para usar el disco local como scratch de un job de gaussian, se tiene el siguiente script (en bash):
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -q regular
#BSUB -n 4
ulimit -s 8000000
mkdir -p $SCRATCHDIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
g03 < PAR4_1.inp
2.- En cada nodo existe un único directorio de "scratch" para todos los procesos que genere el job en dicho nodo. Es tarea del programa crear nombres de archivos diferentes para cada proceso o sincronizar las operaciones de I/O en un mismo archivo.
3.- El directorio de "scratch" sólo es visible para los proceso de un mismo nodo.
4.- El directorio de "scratch" se borra inmediatamente después de terminar el job.
5.- El espacio de scratch disponible es 60 Gigabytes
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Se ha habilitado un directorio de "scratch" en el disco local de cada uno de los nodos de cálculo.
Para utilizarlo, por favor consideren lo siguiente:
1. La ruta del directorio de "scratch" es diferente para cada job, y es accesible en el mismo script del job a través de la variable SCRATCHDIR.
El directorio debe ser creado dentro del mismo script. Por ejemplo, para usar el disco local como scratch de un job de gaussian, se tiene el siguiente script (en bash):
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -q regular
#BSUB -n 4
ulimit -s 8000000
mkdir -p $SCRATCHDIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
g03 < PAR4_1.inp
2.- En cada nodo existe un único directorio de "scratch" para todos los procesos que genere el job en dicho nodo. Es tarea del programa crear nombres de archivos diferentes para cada proceso o sincronizar las operaciones de I/O en un mismo archivo.
3.- El directorio de "scratch" sólo es visible para los proceso de un mismo nodo.
4.- El directorio de "scratch" se borra inmediatamente después de terminar el job.
5.- El espacio de scratch disponible es 60 Gigabytes
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
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