Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:
Se ha habilitado un directorio de "scratch" en el disco local de cada uno de los nodos de cálculo.
Para utilizarlo, por favor consideren lo siguiente:
1. La ruta del directorio de "scratch" es diferente para cada job, y es accesible en el mismo script del job a través de la variable SCRATCHDIR.
El directorio debe ser creado dentro del mismo script. Por ejemplo, para usar el disco local como scratch de un job de gaussian, se tiene el siguiente script (en bash):
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -q regular
#BSUB -n 4
ulimit -s 8000000
mkdir -p $SCRATCHDIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
g03 < PAR4_1.inp
2.- En cada nodo existe un único directorio de "scratch" para todos los procesos que genere el job en dicho nodo. Es tarea del programa crear nombres de archivos diferentes para cada proceso o sincronizar las operaciones de I/O en un mismo archivo.
3.- El directorio de "scratch" sólo es visible para los proceso de un mismo nodo.
4.- El directorio de "scratch" se borra inmediatamente después de terminar el job.
5.- El espacio de scratch disponible es 60 Gigabytes
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
miércoles, 27 de junio de 2007
martes, 12 de junio de 2007
cambio de "shell" por omisión
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
les recordamos que el shell por omisión en todas las cuentas es bash. Los otros shells disponibles son tcsh, csh y ksh.
Si desean cambiar el shell por omisión en su cuenta, utilicen el comando chshell. Este funciona del mismo modo que el comando chsh
de Linux, pero lleva a cabo el cambio en todo el cluster.
Por ejemplo,
-------
[user@n339 ~]$ chshell
Changing shell for user.
Password:
New shell [/bin/bash]: /bin/tcsh
Shell changed.
Connection to n349 closed.
-------
Las opciones para "New shell" son /bin/tcsh, /bin/csh, /bin/ksh.
les recordamos que el shell por omisión en todas las cuentas es bash. Los otros shells disponibles son tcsh, csh y ksh.
Si desean cambiar el shell por omisión en su cuenta, utilicen el comando chshell. Este funciona del mismo modo que el comando chsh
de Linux, pero lleva a cabo el cambio en todo el cluster.
Por ejemplo,
-------
[user@n339 ~]$ chshell
Changing shell for user.
Password:
New shell [/bin/bash]: /bin/tcsh
Shell changed.
Connection to n349 closed.
-------
Las opciones para "New shell" son /bin/tcsh, /bin/csh, /bin/ksh.
lunes, 11 de junio de 2007
Información sobre funcionamiento y uso de KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el día de hoy se publican tres textos acerca del funcionamiento y uso de la supercomputadora:
En el periódico Reforma
(puede leer el texto íntegro en http://aldergutnews.wordpress.com/)
y en la Gaceta de la UNAM, pags. 3, 4 y 5.
http://www.dgcs.unam.mx/gacetaweb/2007/070611/gaceta.htm
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
* Esta información puede ser consultada en línea en supercomputo-unam.blogspot.com
el día de hoy se publican tres textos acerca del funcionamiento y uso de la supercomputadora:
En el periódico Reforma
(puede leer el texto íntegro en http://aldergutnews.wordpress.com/)
y en la Gaceta de la UNAM, pags. 3, 4 y 5.
http://www.dgcs.unam.mx/gacetaweb/2007/070611/gaceta.htm
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
* Esta información puede ser consultada en línea en supercomputo-unam.blogspot.com
jueves, 7 de junio de 2007
NETCDF
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
se ha instalado la biblioteca NetCDF, útil para la creación, uso e intercambio de arreglos (matrices) de datos.
Pueden encontrar mayor información sobre la misma en
http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
Las instrucciones de uso son:
PARA PATHSCALE:
pathcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
pathCC -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff
pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f90 -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff
-------
PARA INTEL 64 BITS
icc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
icpc -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
pathf90 -assume 2underscores -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran
-----------------
PARA GNU
gcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
g++ -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
g77 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran
--------------------
Dejamos pendiente la instrucción para intel/fortran 90
se ha instalado la biblioteca NetCDF, útil para la creación, uso e intercambio de arreglos (matrices) de datos.
Pueden encontrar mayor información sobre la misma en
http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
Las instrucciones de uso son:
PARA PATHSCALE:
pathcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
pathCC -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff
pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f90 -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff
-------
PARA INTEL 64 BITS
icc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
icpc -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
pathf90 -assume 2underscores -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran
-----------------
PARA GNU
gcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf
g++ -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++
g77 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran
--------------------
Dejamos pendiente la instrucción para intel/fortran 90
viernes, 25 de mayo de 2007
KanBalam - Fin de semana
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el equipo seguirá encendido y accesible durante el fin de semana. El lunes les confirmaremos la nueva fecha y hora de apagado.
Nuevamente les solicitamos tomen las debidas precauciones con respecto a sus jobs y datos.
el equipo seguirá encendido y accesible durante el fin de semana. El lunes les confirmaremos la nueva fecha y hora de apagado.
Nuevamente les solicitamos tomen las debidas precauciones con respecto a sus jobs y datos.
Altix - estado del sistema de archivos
Estimados usuarios de la supercomputadora Alebrije (Altix350)
En este momento, el sistema de archivos /tmpu esta en funcionamiento,
sin embargo, la maquina sera dada
de baja este lunes 28 de mayo para reemplazar uno de los discos.
Les pedimos de la manera mas atenta respaldar su informacion y solo
hacer corridas que puedan terminar o hacer un checkpointing durante el fin de semana.
En este momento, el sistema de archivos /tmpu esta en funcionamiento,
sin embargo, la maquina sera dada
de baja este lunes 28 de mayo para reemplazar uno de los discos.
Les pedimos de la manera mas atenta respaldar su informacion y solo
hacer corridas que puedan terminar o hacer un checkpointing durante el fin de semana.
Información general - Frecuencia de "checkpointing" en TERAGRID
Estimados usuarios de los equipos de supercómputo de la UNAM,
La siguiente liga seguramente será de su interés.
Contiene recomendaciones sobre la frecuencia de "checkpointings" en una aplicación.
La siguiente liga seguramente será de su interés.
Contiene recomendaciones sobre la frecuencia de "checkpointings" en una aplicación.
miércoles, 23 de mayo de 2007
Alebrije (Altix 350): problemas de disco
Estimados usuarios de la supercomputadora Alebrije (Altix 350)
Debido a una falla en el arreglo de discos del directorio /tmpu, el sistema
esta fuera de servicio por el momento. Estamos trabajando en la reconstruccion
del mismo. Esperamos que el dia de ma~nana (24 de mayo) se reinicien las
operaciones.
Mientras tanto les pedimos su comprension al respecto.
Debido a una falla en el arreglo de discos del directorio /tmpu, el sistema
esta fuera de servicio por el momento. Estamos trabajando en la reconstruccion
del mismo. Esperamos que el dia de ma~nana (24 de mayo) se reinicien las
operaciones.
Mientras tanto les pedimos su comprension al respecto.
Recordatorio interrupción de servicio
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
para recordarles que este jueves 24 de mayo a las 20 horas se suspenderá el servicio, para reiniciarse tentativamente el 4 de junio.
Les recordamos tomar las precauciones necesarias con sus trabajos y sus datos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.
para recordarles que este jueves 24 de mayo a las 20 horas se suspenderá el servicio, para reiniciarse tentativamente el 4 de junio.
Les recordamos tomar las precauciones necesarias con sus trabajos y sus datos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.
lunes, 21 de mayo de 2007
Instalacion aire acondicionado - Interrupcion de servicio
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam
Como estaba planeado desde 2006, DGSCA ha adquirido equipos de
enfriamiento para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de
redundancia adicional. Para
instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos colaterales para
KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta computadora provee.
Prevemos que la interrupcion del servicio iniciara el jueves 24 a las 8
de la noche, y que se reestablecera el 4 de junio por la ma~ana. Lamentamos
la interrupcion, cuyos beneficios de largo plazo esperamos suplan
ampliamente los inconvenientes temporales que causaremos a Uds.
Como en toda interrupcion de servicio, enfatizamos nuestro llamado a que
Uds. prevean la proteccion
de sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.
Atentamente,
Departamento de Supercomputo
Como estaba planeado desde 2006, DGSCA ha adquirido equipos de
enfriamiento para complementar la infraestructura de KanBalam y dotarla de
redundancia adicional. Para
instalar estos equipos con el minimo riesgo de efectos colaterales para
KanBalam se requiere interrumpir el servicio que esta computadora provee.
Prevemos que la interrupcion del servicio iniciara el jueves 24 a las 8
de la noche, y que se reestablecera el 4 de junio por la ma~ana. Lamentamos
la interrupcion, cuyos beneficios de largo plazo esperamos suplan
ampliamente los inconvenientes temporales que causaremos a Uds.
Como en toda interrupcion de servicio, enfatizamos nuestro llamado a que
Uds. prevean la proteccion
de sus datos y calculos, y quedamos a sus ordenes para cualquier consulta
al respecto.
Atentamente,
Departamento de Supercomputo
viernes, 11 de mayo de 2007
Ya funciona nuevamente el sistema de archivos
El sistema ya está funcionando nuevamente. Les pedimos que relancen los jobs que tenían en ejecución. Es probable que las escrituras a archivos hayan fallado en las últimas 6 horas, pero la información anterior debe estar intacta. También les pedimos que nos comuniquen cualquier problema que les haya surgido derivado de esta interrupción.
Lamentamos los contratiempos que esto les haya causado. Un sistema de archivos de 128 Terabytes y 768 discos es susceptible de este tipo de interrupciones.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Lamentamos los contratiempos que esto les haya causado. Un sistema de archivos de 128 Terabytes y 768 discos es susceptible de este tipo de interrupciones.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Problemas en sistemas de archivos global
estamos teniendo problemas con el sistema de archivos /global (LUSTRE). Será necesario reiniciarlo. Como consecuencia, debemos terminar los jobs que actualmente están ejecutándose.
Se estima que se podrán relanzar los jobs a partir de las 5pm.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Se estima que se podrán relanzar los jobs a partir de las 5pm.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
lunes, 7 de mayo de 2007
Estadísticas de jobs
como seguramente habrán notado, al final del archivo de salida estándar de cada trabajo aparece una sección denominada "Estadísticas del Job", la cual contiene información sobre los recursos consumidos por cada job terminado. Esta información es:
Tiempo de pared: La duración del job.
HORASNODO: Las horas consumidas por el job. Es igual a la duración del mismo por el número de procesadores solicitados. Este es el factor que se contabiliza sobre sus recursos asignados.
Tiempo de CPU: El tiempo de uso efectivo de todos los procesadores solicitados.
Eficiencia: El porcentaje de Tiempo de CPU con respecto a las HORASNODO. Este factor indica que tanto se han usado los procesadores solicitados para el job.
Una eficiencia menor al 50% indica que durante el job se ha ocupado más tiempo en comunicaciones que en procesamiento, o que los procesadores han estado ociosos más tiempo del que han estado trabajando.
En estos casos, el tiempo de pared sería muy similar utilizando solamente la mitad de los procesadores, y en consecuencia, se reducirían las HORASNODO consumidas por el job.
Por lo anterior, se recomienda que si la eficiencia de un job es menor a 50%, se reduzca a la mitad el número de procesadores solicitados para jobs similares en el futuro.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Tiempo de pared: La duración del job.
HORASNODO: Las horas consumidas por el job. Es igual a la duración del mismo por el número de procesadores solicitados. Este es el factor que se contabiliza sobre sus recursos asignados.
Tiempo de CPU: El tiempo de uso efectivo de todos los procesadores solicitados.
Eficiencia: El porcentaje de Tiempo de CPU con respecto a las HORASNODO. Este factor indica que tanto se han usado los procesadores solicitados para el job.
Una eficiencia menor al 50% indica que durante el job se ha ocupado más tiempo en comunicaciones que en procesamiento, o que los procesadores han estado ociosos más tiempo del que han estado trabajando.
En estos casos, el tiempo de pared sería muy similar utilizando solamente la mitad de los procesadores, y en consecuencia, se reducirían las HORASNODO consumidas por el job.
Por lo anterior, se recomienda que si la eficiencia de un job es menor a 50%, se reduzca a la mitad el número de procesadores solicitados para jobs similares en el futuro.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 24 de abril de 2007
MPI: Ligas
para su información, enviamos ligas de información referente al estándar MPI:
Version 1.0 de MPI en su presentación eléctronica:
http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-11-html/mpi-report.html
Utilización de MPI, ejemplos:
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/examples/main.htm
Utilización de MPI-2, ejemplos:
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/index.html
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/examples/main.htm
Version 1.0 de MPI en su presentación eléctronica:
http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-11-html/mpi-report.html
Utilización de MPI, ejemplos:
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi/examples/main.htm
Utilización de MPI-2, ejemplos:
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/index.html
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/usingmpi2/examples/main.htm
lunes, 23 de abril de 2007
GAMESS InfiniBand
Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,
se ha modificado el script (rungms) de GAMESS con MKL, para hacer el intercambio de información a través de la red InfiniBand del cluster.
En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:
Versión Tiempo de pared (secs)
MKL-Infiniband 9931.0
MKL-eth 10882.5
por el momento, se mantendrán las dos versiones MKL. Para usar la versión infiniband,
primero deberán generar las llaves para tener acceso a los nodos a través de dicha red:
% ssh_create_shared_keys-ib
y después cargar el módulo correspondiente:
% module load gamess/mkl-ib
el script sigue siendo el mismo:
% cat script
#!/bin/tcsh
#BSUB -q pruebas
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -n 16
rungms ccpvdz.inp 01 16 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > stdout
se ha modificado el script (rungms) de GAMESS con MKL, para hacer el intercambio de información a través de la red InfiniBand del cluster.
En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:
Versión Tiempo de pared (secs)
MKL-Infiniband 9931.0
MKL-eth 10882.5
por el momento, se mantendrán las dos versiones MKL. Para usar la versión infiniband,
primero deberán generar las llaves para tener acceso a los nodos a través de dicha red:
% ssh_create_shared_keys-ib
y después cargar el módulo correspondiente:
% module load gamess/mkl-ib
el script sigue siendo el mismo:
% cat script
#!/bin/tcsh
#BSUB -q pruebas
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -n 16
rungms ccpvdz.inp 01 16 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > stdout
jueves, 29 de marzo de 2007
GAMESS
Se ha instalado GAMESS, en tres versiones diferentes: MKL (utiliza la biblioteca BLAS de MKL), ACML (utiliza la biblioteca BLAS de ACML) y BLAS-G (utiliza la biblioteca BLAS proporcionada por el mismo gamess).
En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:
Versión Tiempo de pared (secs)
MKL 10882.5
ACML 36298.5
BLAS-G 36974.5
Obviamente, la versión recomendad es MKL. Sin embargo, se hace de su conocimiento que
en los tests incluidos con gamess se obtuvieron los siguientes errores:
MKL: exam23 (Herr=2.8e+00 Gerr=1.9e-05)
ACML: exam06 (Eerr=2.0e-01 Gerr=-1.2e-06)
exam25 (Eerr=1.1e-06 Gerr=8.0e-06)
BLAS-G: ninguno
Para utlizarlo, cree el directorio /global/LOGIN/scr (donde LOGIN es su loginname).
Este directorio será el scratch para todas sus corridas. Sólo necesita crearlo una vez.
Después cargue el modulo de la versión que desee utilizar:
% module load gamess/mkl
o
% module load gamess/acml
o
% module load gamess/blas-g
y tome el siguiente script como ejemplo (suponiendo 64 procesadores):
% cat script.gamess
#BSUB -q regular
#BSUB -o salida
#BSUB -e error
#BSUB -n 64
rungms archivo.entrada 01 64 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > output
% bsub < script.gamess
NOTAS:
1. El directorio scratch es /global/LOGIN/scr .. no confundir con /global/LOGIN/src
2. Gamess requiere la redirección de la salida estándar al archivo "output" -tal como está en el ejemplo-. NO cambie esa parte.
3. Se está trabajando en un método para definir flexiblemente el directorio de scratch.
El Departamento de Supercómputo agradece a Emilio Orgaz y el grupo de la Facultad de Química por proporcionar la versión MKL.
En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:
Versión Tiempo de pared (secs)
MKL 10882.5
ACML 36298.5
BLAS-G 36974.5
Obviamente, la versión recomendad es MKL. Sin embargo, se hace de su conocimiento que
en los tests incluidos con gamess se obtuvieron los siguientes errores:
MKL: exam23 (Herr=2.8e+00 Gerr=1.9e-05)
ACML: exam06 (Eerr=2.0e-01 Gerr=-1.2e-06)
exam25 (Eerr=1.1e-06 Gerr=8.0e-06)
BLAS-G: ninguno
Para utlizarlo, cree el directorio /global/LOGIN/scr (donde LOGIN es su loginname).
Este directorio será el scratch para todas sus corridas. Sólo necesita crearlo una vez.
Después cargue el modulo de la versión que desee utilizar:
% module load gamess/mkl
o
% module load gamess/acml
o
% module load gamess/blas-g
y tome el siguiente script como ejemplo (suponiendo 64 procesadores):
% cat script.gamess
#BSUB -q regular
#BSUB -o salida
#BSUB -e error
#BSUB -n 64
rungms archivo.entrada 01 64 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > output
% bsub < script.gamess
NOTAS:
1. El directorio scratch es /global/LOGIN/scr .. no confundir con /global/LOGIN/src
2. Gamess requiere la redirección de la salida estándar al archivo "output" -tal como está en el ejemplo-. NO cambie esa parte.
3. Se está trabajando en un método para definir flexiblemente el directorio de scratch.
El Departamento de Supercómputo agradece a Emilio Orgaz y el grupo de la Facultad de Química por proporcionar la versión MKL.
sábado, 24 de marzo de 2007
Cola de pruebas y nodos de login
Les recordamos hacer sus corridas de prueba en la cola "pruebas".
Esta cola tiene un limite de 30 minutos y 16 procesadores.
Los nodos de login deben usarse para compilar, depurar, someter jobs o
hacer transferencias de archivos. Se les recomienda no dejar procesos
corriendo en estos nodos, pues pueden ser terminados si interfieren con
las actividades de otros usuarios.
Esta cola tiene un limite de 30 minutos y 16 procesadores.
Los nodos de login deben usarse para compilar, depurar, someter jobs o
hacer transferencias de archivos. Se les recomienda no dejar procesos
corriendo en estos nodos, pues pueden ser terminados si interfieren con
las actividades de otros usuarios.
jueves, 22 de marzo de 2007
Políticas de uso de nodos especiales (64 GB RAM)
Debido a que los nodos especiales son pocos (5), y su demanda suele ser mayor, el Comité Académico de Supercómputo ha establecido las siguientes políticas de uso para dichos nodos:
- La duración máxima por job será de 72 hrs.
- Un grupo (el titular y sus cuentas adicionales) tendrá a lo más 1 job en ejecución, en un máximo de 1 nodo.
- Se eliminarán aquellos jobs que no utilicen más de 8 GB de RAM.
- La duración máxima por job será de 72 hrs.
- Un grupo (el titular y sus cuentas adicionales) tendrá a lo más 1 job en ejecución, en un máximo de 1 nodo.
- Se eliminarán aquellos jobs que no utilicen más de 8 GB de RAM.
martes, 20 de marzo de 2007
NwChem 5.0
para informarles que el software NwCHEM está instalado en /opt/appl/nwchem-5.0
Para ejecutarlo, se debe establecer la variable de ambiente NWCHEM_BASIS_LIBRARY. P.ej, para bash
% export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=/opt/appl/nwchem-5.0/libraries/
El script de LSF de ejemplo es el siguiente:
% cat nwchem.script
#BSUB -n 8
#BSUB -o salida_nwchem
#BSUB -e error_nwchem
#BSUB -q pruebas
cd test_nwchem5
mpirun -srun nwchem prueba.in
Para ejecutarlo:
% bsub < nwchem.script
Para ejecutarlo, se debe establecer la variable de ambiente NWCHEM_BASIS_LIBRARY. P.ej, para bash
% export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=/opt/appl/nwchem-5.0/libraries/
El script de LSF de ejemplo es el siguiente:
% cat nwchem.script
#BSUB -n 8
#BSUB -o salida_nwchem
#BSUB -e error_nwchem
#BSUB -q pruebas
cd test_nwchem5
mpirun -srun nwchem prueba.in
Para ejecutarlo:
% bsub < nwchem.script
Problema telefónico resuelto
Ya están funcionando nuevamente los teléfonos en el Departamento de Supercómputo
5622-8529
5622-8164
5622-8599
Departamento de Supercómputo
5622-8529
5622-8164
5622-8599
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