Directorio de "scratch" en discos locales

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam:

Se ha habilitado un directorio de "scratch" en el disco local de cada uno de los nodos de cálculo.

Para utilizarlo, por favor consideren lo siguiente:


1. La ruta del directorio de "scratch" es diferente para cada job, y es accesible en el mismo script del job a través de la variable SCRATCHDIR.
El directorio debe ser creado dentro del mismo script. Por ejemplo, para usar el disco local como scratch de un job de gaussian, se tiene el siguiente script (en bash):


#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -q regular
#BSUB -n 4

ulimit -s 8000000

mkdir -p $SCRATCHDIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
g03 < PAR4_1.inp


2.- En cada nodo existe un único directorio de "scratch" para todos los procesos que genere el job en dicho nodo. Es tarea del programa crear nombres de archivos diferentes para cada proceso o sincronizar las operaciones de I/O en un mismo archivo.

3.- El directorio de "scratch" sólo es visible para los proceso de un mismo nodo.

4.- El directorio de "scratch" se borra inmediatamente después de terminar el job.

5.- El espacio de scratch disponible es 60 Gigabytes

Atentamente,

Departamento de Supercómputo

cambio de "shell" por omisión

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

les recordamos que el shell por omisión en todas las cuentas es bash. Los otros shells disponibles son tcsh, csh y ksh.
Si desean cambiar el shell por omisión en su cuenta, utilicen el comando chshell. Este funciona del mismo modo que el comando chsh
de Linux, pero lleva a cabo el cambio en todo el cluster.

Por ejemplo,

-------

[user@n339 ~]$ chshell
Changing shell for user.
Password:
New shell [/bin/bash]: /bin/tcsh
Shell changed.
Connection to n349 closed.

-------

Las opciones para "New shell" son /bin/tcsh, /bin/csh, /bin/ksh.

Información sobre funcionamiento y uso de KanBalam

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

el día de hoy se publican tres textos acerca del funcionamiento y uso de la supercomputadora:

En el periódico Reforma

(puede leer el texto íntegro en http://aldergutnews.wordpress.com/)

y en la Gaceta de la UNAM, pags. 3, 4 y 5.

http://www.dgcs.unam.mx/gacetaweb/2007/070611/gaceta.htm


Atentamente,

Departamento de Supercómputo

* Esta información puede ser consultada en línea en supercomputo-unam.blogspot.com

NETCDF

Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,

se ha instalado la biblioteca NetCDF, útil para la creación, uso e intercambio de arreglos (matrices) de datos.

Pueden encontrar mayor información sobre la misma en

http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/


Las instrucciones de uso son:

PARA PATHSCALE:

pathcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

pathCC -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff

pathf90 -I/opt/appl/include ejemplo.f90 -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff

-------

PARA INTEL 64 BITS

icc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

icpc -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

pathf90 -assume 2underscores -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran

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PARA GNU

gcc -I/opt/appl/include ejemplo.c -L/opt/appl/lib -lnetcdf

g++ -I/opt/appl/include ejemplo.cc -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdf_c++

g77 -I/opt/appl/include ejemplo.f -L/opt/appl/lib -lnetcdf -lnetcdff -L /opt/pathscale/lib/2.4/ -lpathfortran

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Dejamos pendiente la instrucción para intel/fortran 90