Se ha instalado GAMESS, en tres versiones diferentes: MKL (utiliza la biblioteca BLAS de MKL), ACML (utiliza la biblioteca BLAS de ACML) y BLAS-G (utiliza la biblioteca BLAS proporcionada por el mismo gamess).
En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:
Versión Tiempo de pared (secs)
MKL 10882.5
ACML 36298.5
BLAS-G 36974.5
Obviamente, la versión recomendad es MKL. Sin embargo, se hace de su conocimiento que
en los tests incluidos con gamess se obtuvieron los siguientes errores:
MKL: exam23 (Herr=2.8e+00 Gerr=1.9e-05)
ACML: exam06 (Eerr=2.0e-01 Gerr=-1.2e-06)
exam25 (Eerr=1.1e-06 Gerr=8.0e-06)
BLAS-G: ninguno
Para utlizarlo, cree el directorio /global/LOGIN/scr (donde LOGIN es su loginname).
Este directorio será el scratch para todas sus corridas. Sólo necesita crearlo una vez.
Después cargue el modulo de la versión que desee utilizar:
% module load gamess/mkl
o
% module load gamess/acml
o
% module load gamess/blas-g
y tome el siguiente script como ejemplo (suponiendo 64 procesadores):
% cat script.gamess
#BSUB -q regular
#BSUB -o salida
#BSUB -e error
#BSUB -n 64
rungms archivo.entrada 01 64 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > output
% bsub < script.gamess
NOTAS:
1. El directorio scratch es /global/LOGIN/scr .. no confundir con /global/LOGIN/src
2. Gamess requiere la redirección de la salida estándar al archivo "output" -tal como está en el ejemplo-. NO cambie esa parte.
3. Se está trabajando en un método para definir flexiblemente el directorio de scratch.
El Departamento de Supercómputo agradece a Emilio Orgaz y el grupo de la Facultad de Química por proporcionar la versión MKL.
jueves, 29 de marzo de 2007
sábado, 24 de marzo de 2007
Cola de pruebas y nodos de login
Les recordamos hacer sus corridas de prueba en la cola "pruebas".
Esta cola tiene un limite de 30 minutos y 16 procesadores.
Los nodos de login deben usarse para compilar, depurar, someter jobs o
hacer transferencias de archivos. Se les recomienda no dejar procesos
corriendo en estos nodos, pues pueden ser terminados si interfieren con
las actividades de otros usuarios.
Esta cola tiene un limite de 30 minutos y 16 procesadores.
Los nodos de login deben usarse para compilar, depurar, someter jobs o
hacer transferencias de archivos. Se les recomienda no dejar procesos
corriendo en estos nodos, pues pueden ser terminados si interfieren con
las actividades de otros usuarios.
jueves, 22 de marzo de 2007
Políticas de uso de nodos especiales (64 GB RAM)
Debido a que los nodos especiales son pocos (5), y su demanda suele ser mayor, el Comité Académico de Supercómputo ha establecido las siguientes políticas de uso para dichos nodos:
- La duración máxima por job será de 72 hrs.
- Un grupo (el titular y sus cuentas adicionales) tendrá a lo más 1 job en ejecución, en un máximo de 1 nodo.
- Se eliminarán aquellos jobs que no utilicen más de 8 GB de RAM.
- La duración máxima por job será de 72 hrs.
- Un grupo (el titular y sus cuentas adicionales) tendrá a lo más 1 job en ejecución, en un máximo de 1 nodo.
- Se eliminarán aquellos jobs que no utilicen más de 8 GB de RAM.
martes, 20 de marzo de 2007
NwChem 5.0
para informarles que el software NwCHEM está instalado en /opt/appl/nwchem-5.0
Para ejecutarlo, se debe establecer la variable de ambiente NWCHEM_BASIS_LIBRARY. P.ej, para bash
% export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=/opt/appl/nwchem-5.0/libraries/
El script de LSF de ejemplo es el siguiente:
% cat nwchem.script
#BSUB -n 8
#BSUB -o salida_nwchem
#BSUB -e error_nwchem
#BSUB -q pruebas
cd test_nwchem5
mpirun -srun nwchem prueba.in
Para ejecutarlo:
% bsub < nwchem.script
Para ejecutarlo, se debe establecer la variable de ambiente NWCHEM_BASIS_LIBRARY. P.ej, para bash
% export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=/opt/appl/nwchem-5.0/libraries/
El script de LSF de ejemplo es el siguiente:
% cat nwchem.script
#BSUB -n 8
#BSUB -o salida_nwchem
#BSUB -e error_nwchem
#BSUB -q pruebas
cd test_nwchem5
mpirun -srun nwchem prueba.in
Para ejecutarlo:
% bsub < nwchem.script
Problema telefónico resuelto
Ya están funcionando nuevamente los teléfonos en el Departamento de Supercómputo
5622-8529
5622-8164
5622-8599
Departamento de Supercómputo
5622-8529
5622-8164
5622-8599
Departamento de Supercómputo
problemas telefónicos
por problemas en un conmutador, se estima que el Departamento de Supercómputo estará sin líneas telefónicas durante gran parte del día, de modo que les pedimos que si necesitan comunicarse con el staff del departamento, lo hagan a través del correo electrónico a las direcciones
ayuda@super.unam.mx
admsuper@super.unam.mx
depto@super.unam.mx
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
ayuda@super.unam.mx
admsuper@super.unam.mx
depto@super.unam.mx
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
viernes, 16 de marzo de 2007
Presentación VisualNumerics
El Departamento de Supercómputo les extiende la más cordial invitación para
que nos acompañe a la charla que impartirá la empresa Visual Numerics Inc. con
respecto a sus productos de software científico y de visualización.
La cita es el miércoles 21 de marzo a las 12hrs., en el Auditorio de la
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico (DGSCA), ubicada en el
Circuito Exterior s/n frente a la Facultad de contaduría y Administración en
CU.
Agrademos su atención,
Departamento de Supercómputo.
Programa
Visual Numerics’ Products and the Benefits of a Campus Wide Program with UNAM
Visual Numerics, the developers of PV-WAVE, IMSL, and JMSL, will be coming to
Mexico March 21 to give an educational presentation to UNAM educators and
researchers. The mid day (12:00- 2:00PM) presentation will focus on the
products and offerings available to UNAM via a proposed campus wide site
license. Included in the presentation will be
- Overview of Visual Numerics, Inc.,
- UNAM / Visual Numerics History,
- Product Overview and Examples in Academia,
- Education Programs, and
- Product demonstrations
This is a technical presentation which should provide you with informational
benefits of utilizing a campus license. Both Visual Numerics and UNAM are
interested in increasing the user base of these tools at UNAM, and
establishing relationships with and between those researchers and students who
currently use and would like to use these tools.
About Visual Numerics Products
- PV-WAVE® is an array-based programming language used to build and deploy
Visual Data Analysis applications.
- TS-WAVE™ is the time series analysis component of the PV-WAVE® Family. It is
often used for telemetry data gathering connected with satellites, flight
testing, and range tests.
- JWAVE™ is the PV-WAVE® Web Development Environment that allows users to
rapidly analyze and visualize critical information regardless of the platform.
- The IMSL libraries (FORTRAN, C/C++ and C#) are a comprehensive set of
mathematical and statistical functions that programmers can embed into their
software applications.
- The JMSL Library is a collection of mathematical, statistical, and charting
classes written in Java, providing the ability to create data analysis
applications. The JMSL Application Quick Start Pack includes a number of
useful demos and code for quick application development ideas.
que nos acompañe a la charla que impartirá la empresa Visual Numerics Inc. con
respecto a sus productos de software científico y de visualización.
La cita es el miércoles 21 de marzo a las 12hrs., en el Auditorio de la
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico (DGSCA), ubicada en el
Circuito Exterior s/n frente a la Facultad de contaduría y Administración en
CU.
Agrademos su atención,
Departamento de Supercómputo.
Programa
Visual Numerics’ Products and the Benefits of a Campus Wide Program with UNAM
Visual Numerics, the developers of PV-WAVE, IMSL, and JMSL, will be coming to
Mexico March 21 to give an educational presentation to UNAM educators and
researchers. The mid day (12:00- 2:00PM) presentation will focus on the
products and offerings available to UNAM via a proposed campus wide site
license. Included in the presentation will be
- Overview of Visual Numerics, Inc.,
- UNAM / Visual Numerics History,
- Product Overview and Examples in Academia,
- Education Programs, and
- Product demonstrations
This is a technical presentation which should provide you with informational
benefits of utilizing a campus license. Both Visual Numerics and UNAM are
interested in increasing the user base of these tools at UNAM, and
establishing relationships with and between those researchers and students who
currently use and would like to use these tools.
About Visual Numerics Products
- PV-WAVE® is an array-based programming language used to build and deploy
Visual Data Analysis applications.
- TS-WAVE™ is the time series analysis component of the PV-WAVE® Family. It is
often used for telemetry data gathering connected with satellites, flight
testing, and range tests.
- JWAVE™ is the PV-WAVE® Web Development Environment that allows users to
rapidly analyze and visualize critical information regardless of the platform.
- The IMSL libraries (FORTRAN, C/C++ and C#) are a comprehensive set of
mathematical and statistical functions that programmers can embed into their
software applications.
- The JMSL Library is a collection of mathematical, statistical, and charting
classes written in Java, providing the ability to create data analysis
applications. The JMSL Application Quick Start Pack includes a number of
useful demos and code for quick application development ideas.
miércoles, 14 de marzo de 2007
KanBalam: Modulo para biblioteca MPI
Las sesiones en kanbalam han sido configuradas para cargar de manera automática el ambiente para utilizar la biblioteca de intercambio de mensajes HP-MPI.
Ya no es necesario utilizar el comando "module load mpi" explícitamente.
Atte
Depto. de Supercómputo.
Ya no es necesario utilizar el comando "module load mpi" explícitamente.
Atte
Depto. de Supercómputo.
blog de supercomputo de la UNAM
Bienvenidos al blog de supercómputo de la UNAM.
La intención de este sitio es establecer un punto adicional de contacto con los usuarios de los equipos de supercómputo,
para informarles sobre el estado de operación de las supecomputadoras, actualización de software, notas de interés general, etc.
Este sitio es complementario a los mensajes de correo electrónico.
Esperamos sus comentarios.
La intención de este sitio es establecer un punto adicional de contacto con los usuarios de los equipos de supercómputo,
para informarles sobre el estado de operación de las supecomputadoras, actualización de software, notas de interés general, etc.
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