PROGRAMA DE BECAS DE CÓMPUTO DE ALTO RENDIMIENTO 2008
La Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, a través de la Dirección de Cómputo para la Investigación
C O N V O C A
a los estudiantes de licenciatura de las áreas de ciencias, ingenierías e informática, a participar en el CONCURSO DE SELECCIÓN DE CANDIDATOS para su PROGRAMA DE BECAS 2008 en las áreas de: Administración de Supercómputo, Optimización, Realidad Virtual y Visualización Científica.
Objetivo
Formar recursos humanos con habilidades en técnicas y tecnologías de cómputo científico de alto rendimiento, con la finalidad de participar en actividades relacionadas con el uso de instrumentos de cómputo avanzados, como la Sala de Realidad Virtual Ixtli y la supercomputadora KanBalam.
Requisitos generales
• Alumno regular del 6to. al 10mo. semestres de la licenciatura o pasante.
• Promedio de 8.5.
• Comprensión de lectura en inglés.
• Disponibilidad de horario de 14:00 a 18:00 hrs. de lunes a viernes
• Conocimientos de nivel usuario de UNIX/Linux
Duración
El programa tiene una duración de un año; al término, se otorga Diploma de participación.
Registro en línea
http://becarios.computo-cientifico.unam.mx
Del 5 al 22 de febrero.
Examen de selección
25 de febrero.
PLATICAS INFORMATIVAS: 14, 18, 19 y 21 de febrero. 12:30 y 18:30 hrs.
En el Auditorio de la DGSCA
http://becarios.computo-cientifico.unam.mx
Inicio
• 24 de marzo de 2008.
jueves, 14 de febrero de 2008
martes, 29 de enero de 2008
archivos RWF > 500 GBytes
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
este mensaje es con relación a los archivos RWF, generados por la aplicación Gaussian.
Algunos jobs generan archivos RWF de tamaños entre 500 GB y 2 TB. Dado que los dispositivos de almacenamiento del sistema de archivos tienen una capacidad individual de 2 TB, estos RWFs pueden saturarlos. La mejor manera de evitar esta saturación sin impacto en el rendimiento es partir un RWF grande en varios archivos pequeños. Esto puede hacerse con una línea similar a la siguiente en el archivo de entrada:
%RWF=cuo-1,200GB,cuo-2,200GB,cuo-3,200GB,cuo-4,200GB,cuo-5,200GB,cuo-6,200GB,cuo-7,200GB,cuo-8,200GB,cuo-9,200GB,cuo-10,200GB
en este ejemplo, cada archivo (cuo-*) tiene un tamaño máximo de 200GB, y se pueden generar hasta 10 archivos (2 TB). Estos archivos se generan en el directorio de scratch (GAUSS_SCRDIR) y es importante recordar que, al ser nombrados, NO son eliminados automáticamente al finalizar el job, por lo que les pedimos no olvidar hacerlo manualmente.
A su vez, a partir del próximo lunes 4 de febrero, implementaremos para los archivos RWF la misma política que para los archivos core: serán eliminados después de 7 días de no haber sido utilizados.
Como siempre, estamos a sus órdenes para cualquier duda,
Atentamente
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx
este mensaje es con relación a los archivos RWF, generados por la aplicación Gaussian.
Algunos jobs generan archivos RWF de tamaños entre 500 GB y 2 TB. Dado que los dispositivos de almacenamiento del sistema de archivos tienen una capacidad individual de 2 TB, estos RWFs pueden saturarlos. La mejor manera de evitar esta saturación sin impacto en el rendimiento es partir un RWF grande en varios archivos pequeños. Esto puede hacerse con una línea similar a la siguiente en el archivo de entrada:
%RWF=cuo-1,200GB,cuo-2,200GB,cuo-3,200GB,cuo-4,200GB,cuo-5,200GB,cuo-6,200GB,cuo-7,200GB,cuo-8,200GB,cuo-9,200GB,cuo-10,200GB
en este ejemplo, cada archivo (cuo-*) tiene un tamaño máximo de 200GB, y se pueden generar hasta 10 archivos (2 TB). Estos archivos se generan en el directorio de scratch (GAUSS_SCRDIR) y es importante recordar que, al ser nombrados, NO son eliminados automáticamente al finalizar el job, por lo que les pedimos no olvidar hacerlo manualmente.
A su vez, a partir del próximo lunes 4 de febrero, implementaremos para los archivos RWF la misma política que para los archivos core: serán eliminados después de 7 días de no haber sido utilizados.
Como siempre, estamos a sus órdenes para cualquier duda,
Atentamente
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx
lunes, 28 de enero de 2008
Scalapack en KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
para informarles que la biblioteca Scalapack está instalada en la máquina.
Scalapack es una implementación paralela de una buena parte de la biblioteca LAPACK, que contiene funciones para álgebra de matrices, sistemas de ecuaciones, valores propios, valores singulares, entre otras.
Pueden encontrar más información sobre Scalapack en http://www.netlib.org/scalapack
También pueden encontrar un manual de uso, y pruebas de rendimiento en KanBalam en la sección de manuales de la página de supercómputo
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx
para informarles que la biblioteca Scalapack está instalada en la máquina.
Scalapack es una implementación paralela de una buena parte de la biblioteca LAPACK, que contiene funciones para álgebra de matrices, sistemas de ecuaciones, valores propios, valores singulares, entre otras.
Pueden encontrar más información sobre Scalapack en http://www.netlib.org/scalapack
También pueden encontrar un manual de uso, y pruebas de rendimiento en KanBalam en la sección de manuales de la página de supercómputo
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
www.super.unam.mx
viernes, 14 de diciembre de 2007
CFITSIO
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
la biblioteca CFITSIO ha sido agregada a las bibliotecas del sistema.
CFITSIO es una biblioteca para leer/escribir archivos en el formato FITS (Flexible Image Transport System).
Pueden encontrar más información sobre esta biblioteca en
http://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/fitsio/fitsio.html
Para utilizarla en kanbalam, basta con agregar las líneas -lcfitsio -lm a su línea de compilación, independientemente de qué compilador estén utilizando. Por ejemplo,
% gcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% g77 cfitsio.f -lcfitsio -lm
% icc test-cfitsio.c -lm -lcfitsio
% ifort cfitsio.f -lcfitsio -lm
% pathcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% pathf90 cfitsio.f -lcfitsio -lm
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
la biblioteca CFITSIO ha sido agregada a las bibliotecas del sistema.
CFITSIO es una biblioteca para leer/escribir archivos en el formato FITS (Flexible Image Transport System).
Pueden encontrar más información sobre esta biblioteca en
http://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/fitsio/fitsio.html
Para utilizarla en kanbalam, basta con agregar las líneas -lcfitsio -lm a su línea de compilación, independientemente de qué compilador estén utilizando. Por ejemplo,
% gcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% g77 cfitsio.f -lcfitsio -lm
% icc test-cfitsio.c -lm -lcfitsio
% ifort cfitsio.f -lcfitsio -lm
% pathcc test-cfitsio.c -lcfitsio -lm
% pathf90 cfitsio.f -lcfitsio -lm
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
DGSCA - UNAM
martes, 4 de diciembre de 2007
Seminario de Supercómputo por VC
Estimados usuarios,
la conferencia de Mateo Valero, ""Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past" será trasmitida por Videoconferencia. Si están interesados, favor de registrarse en el sistema de reservaciones del VNOC de la UNAM (vnoc.unam.mx)
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
la conferencia de Mateo Valero, ""Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past" será trasmitida por Videoconferencia. Si están interesados, favor de registrarse en el sistema de reservaciones del VNOC de la UNAM (vnoc.unam.mx)
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Seminario de Supercómputo: Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past"
La Dirección General de Servicios de Cómputo Académico tiene el agrado de invitar a la charla "Supercomputing for the future, Supercomputing from the Past", que será impartida por el Profr. Mateo Valero, Director del Centro de Supercomputación de Barcelona, el próximo miércoles 5 de diciembre a las 13:30 horas, en el auditorio de la DGSCA.
Mateo Valero es un reconocido investigador en el campo de las arquitecturas de cómputo. Es el fundador del Centro Europeo de Paralelismo de Barcelona (CEPBA), y del Instituto de Investigación CEPBA-IBM. Por su trabajo de investigación ha recibido varios premios, tanto de la IEEE-ACM, como del gobierno español.
Pueden encontrar un resumen de la ponencia en http://www.dlp.acm.org/view_lecturer.cfm?lecturer_id=982.
Les pedimos confirmar su asistencia respondiendo a este mismo correo.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Mateo Valero es un reconocido investigador en el campo de las arquitecturas de cómputo. Es el fundador del Centro Europeo de Paralelismo de Barcelona (CEPBA), y del Instituto de Investigación CEPBA-IBM. Por su trabajo de investigación ha recibido varios premios, tanto de la IEEE-ACM, como del gobierno español.
Pueden encontrar un resumen de la ponencia en http://www.dlp.acm.org/view_lecturer.cfm?lecturer_id=982.
Les pedimos confirmar su asistencia respondiendo a este mismo correo.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
lunes, 26 de noviembre de 2007
Fin de mantenimiento
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
El mantenimiento ha finalizado y ya se pueden hacer conexiones al equipo nuevamente.
Agradecemos como siempre su paciencia y comprensión.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
El mantenimiento ha finalizado y ya se pueden hacer conexiones al equipo nuevamente.
Agradecemos como siempre su paciencia y comprensión.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
mantenimiento
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
Para llevar a cabo la actualización del firmware de uno de los switches del equipo y proporcionarle mantenimiento, necesitamos suspender el acceso al equipo entre las 17:00 y las 20:00. Los jobs actualmente corriendo se mantendrán en ejecución.
Estamos haciendo nuestro mejor esfuerzo para restablecer el servicio a la brevedad posible y no causar pérdidas en los trabajos en curso.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
Para llevar a cabo la actualización del firmware de uno de los switches del equipo y proporcionarle mantenimiento, necesitamos suspender el acceso al equipo entre las 17:00 y las 20:00. Los jobs actualmente corriendo se mantendrán en ejecución.
Estamos haciendo nuestro mejor esfuerzo para restablecer el servicio a la brevedad posible y no causar pérdidas en los trabajos en curso.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 20 de noviembre de 2007
cambios en bibliotecas y modulos
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
a partir del próximo jueves 22, se harán los siguientes cambios en bibliotecas y módulos:
1.- El módulo "intel-64" pasa a ser "intel". Este módulo configura el ambiente para utilizar los compiladores Intel en 64 bits y actualiza las variables
CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90. El módulo intel-32 queda descontinuado.
2.- El módulo "mkl-64" pasa a ser "mkl". Este módulo configura el ambiente para utilizar la biblioteca MKL en 64 bits. El módulo mkl-32 queda descontinuado.
3.- Se añade el módulo "gnu" que actualiza las variables CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90
4.- Se añade la biblioteca GotoBlas. Estará instalada en /opt/appl/BIBLIO y será accesible a través del módulo "gotoblas"
A fin de evitar conflictos con cargas/descarga de módulos, les recomendamos reiniciar todas sus sesiones. Los jobs en ejecución no se verán afectados.
También ponemos a su disposición un pequeño manual para la utilización de las bibliotecas MKL, ACML y GotoBLAS, así como una comparación de rendimiento de las implementaciones de BLAS en estas tres bibliotecas. Podrán encontrar este documento en la sección de manuales de la página de supercómputo (www.super.unam.mx)
a partir del próximo jueves 22, se harán los siguientes cambios en bibliotecas y módulos:
1.- El módulo "intel-64" pasa a ser "intel". Este módulo configura el ambiente para utilizar los compiladores Intel en 64 bits y actualiza las variables
CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90. El módulo intel-32 queda descontinuado.
2.- El módulo "mkl-64" pasa a ser "mkl". Este módulo configura el ambiente para utilizar la biblioteca MKL en 64 bits. El módulo mkl-32 queda descontinuado.
3.- Se añade el módulo "gnu" que actualiza las variables CC, FC, F77, CXX, MPICC, MPICXX, MPIF77, MPIF90
4.- Se añade la biblioteca GotoBlas. Estará instalada en /opt/appl/BIBLIO y será accesible a través del módulo "gotoblas"
A fin de evitar conflictos con cargas/descarga de módulos, les recomendamos reiniciar todas sus sesiones. Los jobs en ejecución no se verán afectados.
También ponemos a su disposición un pequeño manual para la utilización de las bibliotecas MKL, ACML y GotoBLAS, así como una comparación de rendimiento de las implementaciones de BLAS en estas tres bibliotecas. Podrán encontrar este documento en la sección de manuales de la página de supercómputo (www.super.unam.mx)
lunes, 12 de noviembre de 2007
archivos "core"
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
les comunicamos que a partir del próximo lunes 19 de noviembre, en el sistema se eliminarán de forma automática todos los archivos "core" que no hayan sido utilizados durante los últimos 7 días.
Estamos a sus órdenes para cualquier aclaración,
les comunicamos que a partir del próximo lunes 19 de noviembre, en el sistema se eliminarán de forma automática todos los archivos "core" que no hayan sido utilizados durante los últimos 7 días.
Estamos a sus órdenes para cualquier aclaración,
jueves, 8 de noviembre de 2007
ajustes en la conexión al ruteador terminados
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
Los ajustes ya fueron realizados. Ya se pueden establecer conexiones al equipo nuevamente.
Los ajustes ya fueron realizados. Ya se pueden establecer conexiones al equipo nuevamente.
miércoles, 7 de noviembre de 2007
ajustes en conexion al ruteador de DGSCA
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el jueves 8 de noviembre, entre las 20 y las 22 hrs. se realizarán algunos ajustes en la conexión de la sala al ruteador de la DGSCA, por lo que las conexiones externas al equipo se interrumpirán en ese periodo. Los jobs en ejecución y en espera no se verán afectados.
el jueves 8 de noviembre, entre las 20 y las 22 hrs. se realizarán algunos ajustes en la conexión de la sala al ruteador de la DGSCA, por lo que las conexiones externas al equipo se interrumpirán en ese periodo. Los jobs en ejecución y en espera no se verán afectados.
jueves, 25 de octubre de 2007
Rendimiento de MM5 en KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
para los interesados en el software de modelación atmosférica MM5, pusimos los tiempos de ejecución en kanbalam de los benchmarks proporcionados por los desarrolladores de este código, en la sección de manuales de la página de supercómputo: http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
Los benchmarks se ejecutaron con diferentes valores de PROCMIN_WE y PROCMIN_NS, a fin de mostrar como estos dos parámetros de compilación tienen un efecto muy notable en el desempeño y la escalabilidad de MM5.
Se puede encontrar más información sobre MM5 en http://www.mmm.ucar.edu/mm5/
para los interesados en el software de modelación atmosférica MM5, pusimos los tiempos de ejecución en kanbalam de los benchmarks proporcionados por los desarrolladores de este código, en la sección de manuales de la página de supercómputo: http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
Los benchmarks se ejecutaron con diferentes valores de PROCMIN_WE y PROCMIN_NS, a fin de mostrar como estos dos parámetros de compilación tienen un efecto muy notable en el desempeño y la escalabilidad de MM5.
Se puede encontrar más información sobre MM5 en http://www.mmm.ucar.edu/mm5/
jueves, 18 de octubre de 2007
Wien2k 7.3 + MPI + Scalapack
Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,
el procedimiento para compilar el software Wien2k versión 7.3, incluyendo la versión paralela con MPI+Scalapack se encuentra en http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
En este mismo documento se encuentra un ejemplo de script para ejecutar jobs con este software, y gráficas de rendimiento de algunos ejemplos, en donde se comparan los mecanismos de paralelización k-points y mpi.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
el procedimiento para compilar el software Wien2k versión 7.3, incluyendo la versión paralela con MPI+Scalapack se encuentra en http://www.super.unam.mx/index.php?op=manuales
En este mismo documento se encuentra un ejemplo de script para ejecutar jobs con este software, y gráficas de rendimiento de algunos ejemplos, en donde se comparan los mecanismos de paralelización k-points y mpi.
Atentamente,
Departamento de Supercómputo
martes, 9 de octubre de 2007
Semana de e-science Mexico
SEMANA DE E-SCIENCE MEXICO
Con el propósito de promover entre la comunidad
científica el uso de tecnologías computacionales distribuidas para resolver
problemas avanzados en ciencias e ingeniería, la Universidad Nacional
Autónoma de México a través de la Dirección General de Servicios de Cómputo
Académico, en coordinación con la FES-Cuautitlán, el Instituto de Ciencias
Nucleares, el Centro de Ciencias Genómicas y el proyecto EELA
E-Infrastructure shared between Europe and Latin America invitan a la
Semana de e-science México, que comprende las siguientes actividades:
8º Taller EELA
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
22 de Octubre de 2007
Auditorio del Instituto de Investigación de Matemáticas Aplicadas y Sistemas
TUTORIALES
Grid, Visualización y Cómputo de Alto Rendimiento.
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
23-26 de Octubre de 2007
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, Aula 7 del ANEXO
Más información:
tutorial2007@super.unam.mx
http://www.escience.unam.mx
Miguel Álvarez al teléfono: (+5255) 56 23 18 97 ó con Elizabeth Silva al
teléfono: (+5255) 56 22 85 91
Con el propósito de promover entre la comunidad
científica el uso de tecnologías computacionales distribuidas para resolver
problemas avanzados en ciencias e ingeniería, la Universidad Nacional
Autónoma de México a través de la Dirección General de Servicios de Cómputo
Académico, en coordinación con la FES-Cuautitlán, el Instituto de Ciencias
Nucleares, el Centro de Ciencias Genómicas y el proyecto EELA
E-Infrastructure shared between Europe and Latin America invitan a la
Semana de e-science México, que comprende las siguientes actividades:
8º Taller EELA
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
22 de Octubre de 2007
Auditorio del Instituto de Investigación de Matemáticas Aplicadas y Sistemas
TUTORIALES
Grid, Visualización y Cómputo de Alto Rendimiento.
Objetivos: Ofrecer a la comunidad una introducción a las tecnologías de
computación en grid, programación paralela y visualización científica; así
como presentar avances, logros y retos del proyecto de grids entre la
Comunidad Europea y América Latina (EELA).
23-26 de Octubre de 2007
Dirección General de Servicios de Cómputo Académico, Aula 7 del ANEXO
Más información:
tutorial2007@super.unam.mx
http://www.escience.unam.mx
Miguel Álvarez al teléfono: (+5255) 56 23 18 97 ó con Elizabeth Silva al
teléfono: (+5255) 56 22 85 91
jueves, 4 de octubre de 2007
actualizacion de firware de switch infiniband
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
les comunicamos que el firmware de uno de los switches infiniband fue actualizado. Les pedimos que monitoreen el rendimiento de sus jobs, sobre todo aquellos que utilicen MPI, y de ser posible nos reporten si observan diferencias notorias.
les comunicamos que el firmware de uno de los switches infiniband fue actualizado. Les pedimos que monitoreen el rendimiento de sus jobs, sobre todo aquellos que utilicen MPI, y de ser posible nos reporten si observan diferencias notorias.
kanbalam nuevamente accesible
Estimados usuarios de la supercomputadora kanbalam,
el acceso a la máquina ya está nuevamente habilitado.
Agradecemos su comprensión y paciencia por la espera de estos días. Dados los acontecimientos de las últimas semanas, era importante hacer algunos cambios mayores. Les pedimos estar al pendiente de sus jobs y reportarnos cualquier comportamiento anómalo.
el acceso a la máquina ya está nuevamente habilitado.
Agradecemos su comprensión y paciencia por la espera de estos días. Dados los acontecimientos de las últimas semanas, era importante hacer algunos cambios mayores. Les pedimos estar al pendiente de sus jobs y reportarnos cualquier comportamiento anómalo.
jueves, 20 de septiembre de 2007
acceso restablecido
Les informamos que ya se restableció el acceso a la supercomputadora KanBalam.
Por favor, revisen bien sus jobs, pues puede ser que algunos archivos no estén bien debido a la interrupción del sistema de archivos.
Nuevamente agradecemos su paciencia y comprensión.
Por favor, revisen bien sus jobs, pues puede ser que algunos archivos no estén bien debido a la interrupción del sistema de archivos.
Nuevamente agradecemos su paciencia y comprensión.
Acceso a KanBalam
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
hemos cerrado temporalmente el acceso al equipo debido a problemas con el sistema de archivos.
Esperamos reabrir en el transcurso del día.
hemos cerrado temporalmente el acceso al equipo debido a problemas con el sistema de archivos.
Esperamos reabrir en el transcurso del día.
domingo, 16 de septiembre de 2007
Red de datos
Estimados usuarios de la supercomputadora KanBalam,
el domingo 16 de septiembre se presentó un problema con la red de datos de
la supercomputadora entre las 20:30 y las 21:30 hrs. Debido a esta falla, el
sistema de archivos y el ambiente MPI fueron inaccesibles durante este
lapso.
Les pedimos que revisen sus datos y el estatus de sus jobs, ya que varios
jobs fueron abortados. Tambien les
agradeceremos que nos comuniquen cualquier problema que encuentren.
el domingo 16 de septiembre se presentó un problema con la red de datos de
la supercomputadora entre las 20:30 y las 21:30 hrs. Debido a esta falla, el
sistema de archivos y el ambiente MPI fueron inaccesibles durante este
lapso.
Les pedimos que revisen sus datos y el estatus de sus jobs, ya que varios
jobs fueron abortados. Tambien les
agradeceremos que nos comuniquen cualquier problema que encuentren.
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