GAMESS InfiniBand

Estimados usuarios de la supercomputadora Kanbalam,

se ha modificado el script (rungms) de GAMESS con MKL, para hacer el intercambio de información a través de la red InfiniBand del cluster.

En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:


Versión Tiempo de pared (secs)
MKL-Infiniband 9931.0
MKL-eth 10882.5

por el momento, se mantendrán las dos versiones MKL. Para usar la versión infiniband,
primero deberán generar las llaves para tener acceso a los nodos a través de dicha red:

% ssh_create_shared_keys-ib

y después cargar el módulo correspondiente:

% module load gamess/mkl-ib

el script sigue siendo el mismo:

% cat script
#!/bin/tcsh
#BSUB -q pruebas
#BSUB -oo salida
#BSUB -eo error
#BSUB -n 16

rungms ccpvdz.inp 01 16 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > stdout