GAMESS

Se ha instalado GAMESS, en tres versiones diferentes: MKL (utiliza la biblioteca BLAS de MKL), ACML (utiliza la biblioteca BLAS de ACML) y BLAS-G (utiliza la biblioteca BLAS proporcionada por el mismo gamess).

En una prueba de rendimiento con 20 procesadores (single-point (B3LYP/ccpvqz) del aminoácido triptofano neutro), se obtuvieron los siguientes tiempos de ejecución:


Versión Tiempo de pared (secs)
MKL 10882.5
ACML 36298.5
BLAS-G 36974.5

Obviamente, la versión recomendad es MKL. Sin embargo, se hace de su conocimiento que
en los tests incluidos con gamess se obtuvieron los siguientes errores:

MKL: exam23 (Herr=2.8e+00 Gerr=1.9e-05)

ACML: exam06 (Eerr=2.0e-01 Gerr=-1.2e-06)
exam25 (Eerr=1.1e-06 Gerr=8.0e-06)

BLAS-G: ninguno

Para utlizarlo, cree el directorio /global/LOGIN/scr (donde LOGIN es su loginname).
Este directorio será el scratch para todas sus corridas. Sólo necesita crearlo una vez.

Después cargue el modulo de la versión que desee utilizar:

% module load gamess/mkl

o

% module load gamess/acml

o

% module load gamess/blas-g

y tome el siguiente script como ejemplo (suponiendo 64 procesadores):

% cat script.gamess
#BSUB -q regular
#BSUB -o salida
#BSUB -e error
#BSUB -n 64

rungms archivo.entrada 01 64 $SLURM_JOBID "$LSB_HOSTS" > output

% bsub < script.gamess

NOTAS:

1. El directorio scratch es /global/LOGIN/scr .. no confundir con /global/LOGIN/src

2. Gamess requiere la redirección de la salida estándar al archivo "output" -tal como está en el ejemplo-. NO cambie esa parte.

3. Se está trabajando en un método para definir flexiblemente el directorio de scratch.

El Departamento de Supercómputo agradece a Emilio Orgaz y el grupo de la Facultad de Química por proporcionar la versión MKL.